普魯士的改革並非隻局限於社會、經濟和管理體係。沙恩霍斯特和格奈澤瑙進行的軍隊重組也同樣重要。經過耶拿一役，人們已經對過去建立在階級體係之上的軍隊係統失去了信心。除此之外，拿破侖也逼著普魯士的軍隊進行改組。1808年，他下令普魯士軍隊減員至4.2萬人。這正好是個改革的機會。因為常備軍人數存在限製，所以每位公民都必須接受訓練並學會使用武器。常備軍人數嚴格限製在4.2萬人，但民兵在穿上軍裝服過短暫的兵役後就會轉為預備役；後備軍成立，雖然直到1813年才正式組織了國土保衛戰，建立了全國總動員機製。同時，正規軍內部也進行了一些改革：年老、能力不足者被清退；階級限製被廢除，轉而采用一套更好的晉升係統，軍功至少在某種程度上成了晉升的標準；整個軍隊在訓練、戰術、槍支彈藥上都有所改良。