盡管在西班牙征服時期，幾乎所有古瑪雅人宗族組織的痕跡都消失了，但有跡象表明，最初普遍存在宗族組織體係。例如，蘭達主教這樣說道：
他們總是用父親的父係姓氏和母親的母係姓氏來稱呼自己的兒女，父親的姓氏是正規稱呼，母親的姓氏是口頭稱呼。例如父係姓氏“Chel”的父親和母係姓氏“Chan”的母親生的兒子就叫作“Na Chan Chel”，意思是父係姓氏Chel家的男子和母係姓氏Chan家的女子生的兒子，其中母親的姓在這裏作為中間名。這就是為什麽瑪雅人會把同姓的人看作同一個家庭的成員，而且他們也會像家人那樣對待他。因此，當一個人來到一個陌生的地方又需要幫助時，他就會立刻報出自己的名字。如果那裏有和他同姓的人，就會馬上友善地接待他，並把他當成家人來對待。同樣，無論男女都不會和與自己同姓的人結婚，因為在他們看來，這是極大的恥辱。
這段描述非常直接地說明了瑪雅人同姓不婚的禁忌，最初應該是基於基本的宗族社會組織體係，也就是說，一些人聲稱他們有一個共同的祖先。
瑪雅人這種禁止相同姓氏的人結婚的古老禁忌，在澤套瑪雅人和拉坎敦瑪雅人中間一直延續到今天。在墨西哥恰帕斯高地的許多澤套瑪雅人村莊裏，有著相同姓氏的人之間的婚姻就像近親結婚一樣，要麽被徹底禁止，要麽遭到強烈的阻止。這種禁忌在鄉村非常盛行，甚至在那些已經不再使用瑪雅姓氏並采用西班牙姓氏的澤套瑪雅人家庭中也是如此，如果兩人的西班牙姓氏相同，那麽他們之間的婚姻也會被禁止。
恰帕斯低地少數幸存的拉坎敦瑪雅人生活在烏蘇馬辛塔河流域西南側茂密的森林裏，現在男女老少加起來隻有大約200人。和尤卡坦瑪雅人和澤套瑪雅人一樣，拉坎敦瑪雅人的宗族也是指父係姓氏。現在的拉坎敦瑪雅人都屬於兩個宗族，也就是說全部都來自兩個父係姓氏。他們的宗族姓氏大約有18個，都來源於動物或鳥類，如蜘蛛猴、吼猴、野豬、西貒、鹿、美洲豹、小羚羊、無尾刺豚鼠、燕子、野雞、鷓鴣、金剛鸚鵡等。這些名字說明所有的宗族姓氏過去都帶有宗族圖騰的意義。雖然不算常見，但在現代的拉坎敦瑪雅人中，同一姓氏之間的婚姻確實存在。如果他們也有禁止相同姓氏的人結婚的禁忌，隻能異族通婚，那麽當整個宗族的人數減少到快要消失時，也不得不放棄這種禁忌，否則宗族就由於沒有新生人口而不複存在了。