當人生病的時候，他會請來祭司、巫醫或者巫師。因為他們異教徒的儀式和騙人的把戲，蘭達主教厭惡地把這三種人歸為一類。這些所謂治病的人通常把祈禱、特殊儀式、在病灶部位放血和使用當地草藥這些手段糅合在一起來治病，病人要麽被治好了，要麽被治死了，他作為醫者的聲譽取決於治好的多還是治死的多。尤卡坦有許多可以入藥的藥草和植物，這些本地的巫醫們還製定了一部詳盡的藥典。一些公元17世紀的瑪雅手稿列出了瑪雅人遭受的許多疾病，以及相應的治療方法，一直流傳至今，其中一些治療方法無疑是有價值的。確實有許多帶有中世紀歐洲迷信與異教徒的瑪雅魔法混合在一起的東西，例如下麵這種治療牙痛的方法：
你拿著啄木鳥的喙，用它把牙齦弄出一點兒血；如果是男人則弄13次，是女人則弄9次。牙床應該被啄木鳥的喙稍微刺破。再從被閃電擊中的樹上取下一片木頭，和魚皮一起磨碎，用棉絮包起來。然後把它塗在牙齒上。這樣就能治好牙痛。
牙齦放血可能會減輕某些原因導致的牙痛，但是“男人13次”和“女人9次”肯定是流傳下來的儀式，13和9是古瑪雅人最神聖的兩個數字，前者對應上界的神的數量，後者指下界的神的數量。“被閃電擊中的樹”則純屬迷信。
另一方麵，一些本地植物無疑具有明確的藥用特性，例如在尤卡坦北部隨處可見的一種開有黃色喇叭狀花的灌木坎落兒（瑪雅語為Tecoma stans）。從中提取2~10滴**提取物，每小時服用一次，是一種強效利尿劑，可能也是一種溫和的心髒興奮劑。
蘭達主教說：
也有外科醫生，或者更確切地說是巫師，他們用草藥和許多迷信儀式治愈病人……巫師和醫生用放血的方法治愈病人的疼痛……瑪雅人相信死亡、疾病和痛苦是因他們的錯誤和罪惡而降臨到他們身上的。他們有一個習慣，就是在生病的時候懺悔。