自古瑪雅人將遊牧生活轉換成以農業為基礎的定居生活（如種植印第安玉米）以來的三四千年甚至五千年中，他們的宗教也經曆了相應的變化。盡管那些遙遠的年代沒有留下什麽傳說和線索，但我們推測最初的瑪雅宗教可能是一種簡單的自然崇拜，是將那些很大程度上影響和塑造古瑪雅人生活的自然力量人格化：太陽、月亮、雨、閃電、風、山、平原、森林、河流，還有險灘。這些圍繞在古瑪雅人身邊的自然力量交織在一起就形成了遊牧生活的背景。
這種簡單的自然崇拜幾乎不需要正式的組織，沒有祭司來解釋深奧的知識，也沒有實施固定的或精心製作的儀式，甚至沒有專門的宗教場所。每個家族的首領同時也是這個家族的祭司，家族神廟隻不過是個簡陋的臨時小屋，和這個家族的臨時住所差不多——條件基本一樣。例如在今天墨西哥恰帕斯東部烏蘇馬辛塔河流域森林中的拉坎敦瑪雅人中還保留著這樣的習俗（前瑪雅一期，表3）。
引進了農業之後，他們有了固定的住所和更多的閑暇時間，宗教變得更有組織性，神的職司也更加專業化。祭司的職責是向廣大的民眾傳達神的旨意，宗教成了少數人為多數人服務的事情，因此需要更正式的神廟。定居生活使建立永久的儀式中心成為可能，同時也促進了興建更宏偉的神廟和形成更複雜的儀式。從引進農業、瑪雅曆法和年表、象形文字的產生，瑪雅人經曆了千年的漫長歲月（瑪雅年表最早出現在瑪雅7.0.0.0.0年或瑪雅7.6.0.0.0年，即公元前353年或公元前235年），但毫無疑問他們的宗教幾乎保持不變，或者說變化非常緩慢——開始出現人格化的神，祭司階層逐漸發展，更豐富的儀式，更精美的神廟，但仍然不是磚石結構的神廟。第二個時期（前瑪雅二期，表3）可能與瓦哈克通的馬穆姆陶器時期處在同一時期。