李斯到了秦國以後，很快就得到秦相呂不韋的器重，當上了秦國的官員，有了接近秦王的機會。
當時，秦王一心統一六國，靠近秦國的韓國害怕被秦國滅掉，就派水工鄭國(8)到秦國鼓動修建水渠，目的是為了削弱秦國的人力和物力，牽製秦國東進。後來，鄭國修渠的目的暴露。這時，東方各國也紛紛派間諜來秦國做賓客，秦國群臣對外來的客卿議論很大，就對秦王說：“來秦國的外國人，主要都是為了他們自己國家的利益來秦國搞破壞工作，請大王下令驅逐一切來客。”於是，秦王下了一道“逐客令”，李斯也在被逐之列。
李斯給秦王寫了一封信，勸秦王不要驅逐來客，這就是曆史上著名的《諫逐客書》。李斯說：“我聽說群臣議論逐客，這是錯誤的。從前秦穆公求賢人，從西方的戎請來由餘，從東方的楚國請來百裏奚，從宋國迎來蹇叔，任用從晉國來的丕(9)豹、公孫支。秦穆公任用了這五人，兼並了二十國，稱霸西戎。秦孝公重用商鞅，實行新法，移風易俗，國家富強，打敗了楚、魏，擴地千裏，使秦國強大起來。秦惠王用張儀的計謀，拆散了六國合縱(10)抗秦，迫使各國服從秦國。秦昭王得範雎(11)，削弱貴戚力量，加強了王權，蠶食諸侯，秦成帝業。這四代君王都是由於任用客卿，才對秦國做出了貢獻。如果這四位君王當初也下令逐客，國家就不會有富利之實，也強大不起來。”
秦王嬴政明辨是非，果斷采納了李斯的建議，立即取消了“逐客令”。李斯受到重用，被封為廷尉，後來更被任命為丞相，輔助秦始皇推行郡縣製，統一度量衡和文字，加強中央集權，成為中國曆史上的一代名臣。