與此同時，大明建立之初所麵臨的嚴峻形勢也使得朱元璋不敢放鬆。元朝雖然被打敗，但是由於朱元璋對形勢的估計不足，導致元朝雖敗而不亡，元朝殘餘勢力的實力依然十分強大，並且盤踞在漠北高原，對明朝的北部邊防造成很大的威脅。除了外患的存在，明朝建立後的內部形勢也不是很樂觀。
首先，由於長期的戰爭動亂，造成人口銳減，大量土地變成無主荒地，人民流離失所；其次，白蓮教等民間組織十分活躍，並且時不時就搞個暴動，朱元璋自己就是明教起家，對這種打著民間宗教旗幟的造反活動那是相當有體會的，同時地方上的豪強們也開始故態萌生，尤其是江南地區的地方豪強們不僅大量兼並土地，還試圖偷稅漏稅；再次，朱元璋發現從中央六部到地方衙門都興起了一股貪墨之風，並且涉及了許多官員，其中既有從元朝那邊投降過來的官員，又有大明朝建立後新提拔的官員，在貪汙腐敗問題上他們達成了高度的一致；最後，禦史台本來是皇帝的耳目，專門負責監察各級官員和天下百姓的，但是其中官員的表現卻多不稱職。
比如洪武二年，朱元璋派監察禦史謝恕去巡查鬆江，結果謝恕一口氣抓了一百九十多人，罪名都是“欺隱官租”，就等於今天的偷稅漏稅，結果把這些人押送到京師之後，有一半以上的人都宣稱自己是冤枉的。針對這一情況，治書侍禦史文原吉急忙上書朱元璋對這一情況進行匯報。隨後，朱元璋親自召見其中的幾個人進行詢問，結果發現果然是冤枉的。於是在詢問結束後，便召見謝恕對其進行了嚴厲的指責，在指責的過程中也表現了朱元璋對監察官員的期待。
朱元璋本來是希望他們作為“耳目之官”，能夠了解事情的是非曲直，明辨是非，不能冤枉無辜之人，但是現在這幫官吏誣陷人倒是一套一套的，長此以往，朝廷的信用還要不要了，養這幫人還有什麽用啊。最後的處理結果是把所有百姓全部釋放，並且對謝恕貶職處理，對文原吉則進行了賞賜。要知道朱元璋本來就生性多疑，這件事的發生，已經使得朱元璋對禦史台的信任大打折扣，而且這種事情下次要是再發生怎麽辦，不能每次都得皇帝親自上場吧。