長此以往下去錦衣衛很有可能會被徹底廢除，從而退出政治舞台。但是，誰也沒有想到一場“靖難之役”打下來，燕王朱棣成功以藩王的身份成功登上大寶。朱棣這個皇位比他爹朱元璋坐得還不踏實。當時，宮中一場大火，建文帝不知下落，生死未卜，時不時還會出現建文帝某地出現的消息，朱棣總擔心他人會擁戴建文帝（即使是名義上的）起兵造反，撼動他的江山。另一方麵原來的建文舊臣仍然心懷故主，很多人質疑朱棣皇位的合法性、正統性，這些舊臣明麵上雖然沒有像方孝孺那樣激烈地反抗，但是會在暗中與朱棣較勁。
一開始，朱棣對建文舊臣是采取了“瓜蔓抄”式的誅殺，但是後來他發現再這樣誅殺下去，會麵臨無人可用的境地。因為朱棣興起於北平，根基在北，而且府中的有才之士並不多，根本無法彌補官位的缺失。這樣一來，明成祖必須得妥善處理建文舊臣，處理好兩者的關係，而且得盡快。想來想去，明成祖決定改變用人策略，他覺得重用建文舊臣，一可以緩解官位人員的缺失，二則是可以收買人心，爭取其他建文舊臣的支持，穩定朝局。但是，人心難測，難免有官員會有異心。到時候，被重用的若是有異心之人，就會對政局造成負麵影響，危及皇權。如果不想讓這樣的威脅存在的，就必須采取一些切切實實的措施來監控舊臣，規範其行為。
在這種情況下，朱棣決定再次讓錦衣衛活動起來。不僅恢複了錦衣衛內的詔獄，而且在錦衣衛內增設北鎮撫司，原來的鎮撫司改稱為南鎮撫司。其中北鎮撫司專門負責受理欽案，旗下還掌管著令人聞之色變的詔獄。北鎮撫司可以在自認為有必要的情況下逮捕任何嫌疑對象，並可在詔獄中對其進行不公開的審訊，三法司（刑部、大理寺、都察院）均無權過問，所以錦衣衛中真正有權的部門就是北鎮撫司。而南鎮撫司負責錦衣衛內部法紀，沒多少拋頭露臉的機會，因此所以無論小說還是電視劇，一般都不會提到南鎮撫司。由於有朱棣的支持，重新設立的錦衣衛功能十分強大，不僅調查文武百官和普通百姓，連皇室成員也不能幸免。比如朱棣曾安排錦衣衛暗中監視他的異母弟弟寧王朱權和他的長子朱高熾。管理的事情多，人員編製自然就多了，按照標準編製，明朝一個衛應該有5600人，下轄5個由1120人組成的所。可是錦衣衛在巔峰時期下轄17個所，人數將近20000。