維多利亞死後，他想回到翡冷翠，把“他的疲勞的筋骨睡在他的老父旁邊”[457]。當他一生侍奉了幾代的教皇之後，他要把他的殘年奉獻給神。也許他是受著女友底鼓勵，要完成他最後的意願。一五四七年一月一日，維多利亞 高龍納逝世前一月，他奉到保爾三世底敕令，被任為聖比哀爾大寺底建築師兼總監。他接受這委任並非毫無困難；且亦不是教皇底堅持才使他決心承允在七十餘歲的高年去負擔他一生從未負擔過的重任。他認為這是神底使命，是他應盡的義務：
“許多人以為——而我亦相信——我是由神安放在這職位上的，”他寫道，“不論我是如何衰老，我不願放棄它；因為我是為了愛戴神而服務，我把一切希望都寄托在他身上。”[458]
對於這件神聖的事業，任何薪給他不願收受。
在這樁事情上，他又遇到了不少敵人：第一是聖 迦羅一派[459]，如伐薩利所說的，此外還有一切辦事員，供奉人，工程承造人，被他揭發出許多營私舞弊的劣跡，而聖 迦羅對於這些卻假作癡聾不加聞問。“彌蓋朗琪羅，”伐薩利說，“把聖比哀爾從賊與強盜底手中解放了出來。”
反對他的人都聯絡起來。首領是無恥的建築師拿尼 第 擺幾沃 皮琪沃（Nanni diBaccio Bigio），為伐薩利認為盜竊彌蓋朗琪羅而此刻又想排擠他的。人們散布流言，說彌蓋朗琪羅對於建築是全然不懂的，隻是浪費金錢，弄壞前人底作品。聖比哀爾大寺底行政委員會也加入攻擊建築師，於一五五一年發起組織一個莊嚴的查辦委員會，即由教皇主席；監察人員與工人都來控告彌蓋朗琪羅，薩爾維阿蒂與賽維尼兩個主教又袒護著那些控訴者[460]。彌蓋朗琪羅簡直不願申辯：他拒絕和他們辯論。——他和賽維尼主教說：“我並沒有把我所要做的計劃通知你，或其他任何人的義務。你的事情是監察經費底支出。其他的事情與你無幹。”[461]——他的不改性的驕傲從來不答應把他的計劃告訴任何人。他回答那些怨望的工人道：“你們的事情是泥水工，斫工，木工，做你們的事，執行我的命令。至於要知道我思想些什麽，你們永不會知道；因為這是有損我的尊嚴的。”[462]