隨著戰爭硝煙的消散和查理一世被處死，殘缺議會在獨立派的主導下行使權力。根據下院的決議，人民是上帝之下一切權力的源泉，由人民選舉產生並代表人民的下院，擁有國家的最高權力。這個決議是獨立派對平等派讓步的結果。然而最具諷刺意味的是，此時下院的代表性最無法令人信服：1640年11月長期議會召開時，共有490名議員；普萊德清洗後，剩下的議員總數不到90人。盡管形式上已經不具合法性，這個殘缺議會還是於1649年2月通過決議，取消了隻剩下16名貴族的上院，同時廢除了徒有虛名的君主製。5月19日，它正式宣布建立“英吉利共和國”（Commonwealth of England），稱其為一個“聯邦和自由的國家”（Commonwealth and Free State），自稱議會代表人民掌握最高權力，統治這個國家，並以人民的名義，指定和組成隸屬於自己的軍政長官。它把國家行政權交給一個由41人組成的國務會議（Council of State），大部分成員為獨立派領袖人物，其中10人同時也是議會成員，包括克倫威爾在內。這樣，英國改變了它自身的外在形式，由王國變成了共和國，英國革命也由此達到了頂點。
英吉利共和國，有學者認為屬於英國的憲政實驗。這個時期可以劃分為共和國（1649-1653）和護國政治（1653-1660）前後兩個階段。但無論在哪個階段，軍隊都是真正的掌權者，因為軍隊戰勝了國王，議會遭到了清洗，長老派已被驅逐，獨立派掌握著革命的領導權，而以軍隊為基礎的獨立派是用槍杆子進行統治的。人們從英國內戰或革命中看到，革命就是使用暴力，革命的成功必須有賴於戰爭的勝利，既然軍隊在戰場上打了勝仗，自然也就取得了革命的領導權。由於軍隊作為“槍杆子”，是一種工具，是一種政治鬥爭的工具，它要讓自己走上政治的前台來進行合法的統治，這對於素有議會傳統或憲政傳統的英國來說，顯然是困難重重的。於是就發生了有趣的一幕：軍隊並不喜歡議會，卻又離不開議會，因為議會的存在可以使軍隊的統治合法化，而不管這種議會本身是否合法。無論是處死查理還是撤銷上院，抑或是廢除君主製，還有取消安立甘宗教的國教地位，這些非同尋常的政治實踐都需要借助議會這種所謂的“合法”形式來進行。在理論上，殘缺議會在伸張人民主權的同時，將立法、行政、執法三項權力都置於自己的控製下，它第一次公開宣布了議會的最高權力，並將其訴諸文字，從而對後來西方的憲政發展產生了巨大影響。但從實質上看，英吉利共和國是軍人統治的共和國，這種政體形式後來在世界其他許多地方都出現過，發生革命的國家似乎都要出現軍人政權，這好像成了鐵律，而英國是其中的第一個。英吉利共和國成立後，克倫威爾一手拿寶劍，一手拿聖經，與殘缺議會共同構建了一個軍人統治的清教共和國。其中，劍是統治的物質武器，聖經是統治的精神工具。