以上我們討論的是元王朝對傳統中國的國家建構所做出的非同尋常的巨大貢獻。現在要說到它對中國曆史的另一項重大衝擊。不過，這項衝擊與元朝所帶來的巨大影響，在性質上很不一樣。它含有較大的負麵意義。這就是元朝的統治，在很大程度上終結了專製君主官僚製從體係內部約束君權的一係列製度設計和慣行體例；而這些製度和慣例，原本是皇權與它的官僚機構之間，在近千年反複博弈的過程中，好不容易才形成並逐漸得以固化的。
在傳統中國的政治體係內，官僚機構是服務、從屬於專製皇權的。所以有的學者用“君主獨製於天下而無所製”來形容兩者的關係。也就是說，天下之大，無處無人不受製約於君主一人的權力，卻沒有一個人能製約君主。秦始皇或漢武帝就是這樣“獨製於天下而無所製”的獨裁君主。
不過君主再“勤政”，也無法做到事必躬親，何況他還要有花天酒地、遊山玩水的享樂時間。他既不會願意、事實上也絕對不可能事事獨攬，所以還需要訂立各種明確的法律法規，讓他的官僚機構可以按照既定製度去處理眾多常規性的事務。同時，在皇帝手裏則仍然保留著突破法定製度，根據“聖衷獨斷”任意處置相關事務的特權。因此，在唯我獨尊的君權與臣下必須遵守的製度規定之間，就不免會造成某種衝突或張力。下麵這個例子可以生動地說明存在於兩者之間的這種張力。
唐朝有一個縣官犯了勒索錢財的罪。唐玄宗大怒，下令司法部門判他死刑。負責審理此案的大理寺長官要求按照唐律把他流放。玄宗再次下達手令，堅持要大理寺處死他。大理寺長官回複皇上說：“有斷自天，處之極法，生殺之柄，人主合專。輕重有條，臣下當守。”意思是君主有任意決定臣下生死的大權，如果由你直接下令，怎麽處置都可以；但如果交到我的手上辦理，我就隻能按刑法來對他量刑，而不能再顧及你的意誌。結果還是把這個縣官流放了事。