1898年9月21日，慈禧太後在宮裏接見完伊藤博文後，都已經回到頤和園了，聽到康廣仁的口供，立刻又從園子裏邊回宮，對光緒皇帝和大臣又哭又罵。她罵這些大臣：“我把皇上交給你們，讓你們看著，你們怎麽看成這個樣子，你們的責任心在哪兒？”
之後，又轉過來罵皇上：“你這個沒良心的東西，我對你那麽好。你4歲時，我把你接到宮裏邊來，一直照顧你，一直幫著你，給你找好的老師，讓你接班，結果你和那些沒良心的王八蛋勾結在一起害我。”皇上一開始其實聽得很迷糊，不知道怎麽回事。但聽著聽著，他慢慢悟出來：原來慈禧太後是認為他摻和進了康有為他們的謀反計劃。
光緒皇帝知道了這裏邊的脈絡後，慈禧太後就問他怎麽處理。光緒皇帝這個時候也亂了方寸，下令將他們殺掉。戊戌年的這一重大事變發生之後，最不該做的就是草率地把這幾個人都殺掉。光緒下令後，下麵的人迅速按照康廣仁的供詞實行抓捕。先是到了譚嗣同家抓譚嗣同。譚嗣同是英雄好漢，他一上來就說：我跟你們走。這一下子就把康廣仁的供詞坐實了。然後，又派人去抓劉光第，劉光第說：“那個老太婆，她早就該讓位了。哪有退位之後又幹預政治的呢？”劉光第和政變沒關係，但劉光第一直就反對慈禧太後繼續幹政，所以他也被抓了。不到一個星期，所有的涉案人員就都被一網打盡了。之後就按照光緒皇帝的命令，將他們全部處死!當然有一個人例外，那就是張蔭桓。
張蔭桓當時被抓了之後，由於他是外交官，在國外有很高的聲譽，日本外交官就連夜找到李鴻章，他說：“李中堂，現在隻有你能救張蔭桓。”李鴻章說：“你不知道張蔭桓是我的敵人嗎？盡管他早年跟著我幹，但後來他又背叛了我，他活該。我跟他矛盾很深，我為什麽要救他？”日本外交官說：“中堂，看在我的麵子上，幫一幫他，而且正因為你和他有矛盾，所以你一句話就可以救他了。”李鴻章說：“現在都半夜三更了，我怎麽救呢？”日本外交官聽出李鴻章話裏的意思，知道他同意了，就講：“中堂大人，隻要你想救，總有辦法的。”所以，後來在所有被抓捕的人當中，隻有張蔭桓躲過一劫。實際上張蔭桓可能是康有為對朝廷內部矛盾想象的一個信息源。他們是小老鄉，康有為很多信息是來自張蔭桓。