除了儒家意識形態的瓦解，魏晉南北朝分裂還有其他原因。漢代選拔官員的製度一般被稱為“察舉製”，察舉與後世通過科舉考察官員有所不同，本質上仍是一種推薦任官的製度，每一個郡根據人口數量的多寡，郡守有權推薦若幹士人出任官職。以最常見的舉孝廉而論，大約每20萬人可以推薦1人。學者一般認為，漢代通過將獨尊儒術與察舉製結合，建立起了一套相當有效的製度。獨尊儒術使得儒家經典成為士人想要做官就必須閱讀的書籍，在潛移默化之間統一了士大夫的思想。察舉製一方麵促進了儒家思想的傳播；另一方麵則使全國各地的精英都有機會進入中央做官，參與政治，大大擴展了兩漢的統治基礎。但是其中也有一個明顯的弊端，就是當時有條件係統學習儒家經典，並且通過察舉製獲得做官機會的人，大都是出自地方上的世家大族，而非一般的老百姓。因此察舉的權力，名義上雖然操持在朝廷任命的郡守手中，但實際運作的過程中則有被地方大族把持的危險。
因此，如何監督地方官員便成了一個棘手的問題。漢代疆域遼闊，在古代的交通與通信條件下，要對千裏之外的地方官加以有效的監督，談何容易。一方麵，漢代非常重視對郡守人選的選拔，漢宣帝曾經有過一句名言，“與朕共治天下者，其唯良二千石乎”。“兩千石”就是郡守的品秩。郡守作為蒞民之官，在漢代非常受重視，一旦有突出的政績就很有可能入朝為九卿，被提拔為宰相的例子也不鮮見。這算是正麵的績效獎勵。另一方麵，則是利用刺史製度予以監督。漢代的郡有100多個，數量不少，事實上造成了中央監察的困難。自漢武帝開始便分天下為十三刺史部，派出刺史巡行各郡，以“六條問事”，就是以六個主要的條目來考察官員是不是行為不法。其中的核心就是檢查郡守有沒有和地方的豪強相勾結，魚肉地方，禍害百姓，比如其中一條是“二千石違公下比，阿附豪強，通行貨賂，割損政令”。這一製度運行有效的奧秘，就是用品級比較低的官員來監督品級比較高的官員。漢代的郡守是二千石，刺史雖然權力很大，負責監察郡守有沒有不法的行為，但是本身的品秩隻有六百石。地位相對比較低的刺史有著非常強的晉升動力，因此，往往會努力地扳倒地位比自己高的郡守，避免了常見的官官相護的弊端。