《威斯特伐利亞和約》對神聖羅馬帝國產生的重要後果之一，是使奧地利與西班牙脫離了政治聯係。雖然幾經努力，但是在戰爭結束後的初期，皇帝沒有能夠恢複兩者之間以哈布斯堡家族為紐帶的合作關係。
1556年，卡爾五世，或稱西班牙國王卡洛斯一世，將神聖羅馬帝國的皇冠戴在弟弟費迪南德一世的頭上，並將西班牙王位讓予兒子腓利普二世，同時確定雙方不可互換繼承。由此而始，哈布斯堡王朝分別在東方的神聖羅馬帝國和西方的西班牙王國延續統治。
作為同一王朝統治下的兩個政權，神聖羅馬帝國與西班牙王國從一開始就建有密切的合作關係。三十年戰爭期間，奧地利以神聖羅馬帝國統治者的姿態參與戰爭，西班牙則以哈布斯堡同族和天主教同宗的身份支持奧地利。雖然西班牙沒有直接進入奧地利陣營，但是它不僅提供了財物援助，而且派出了著名將領及裝備精良的兵士。兩者的緊密合作是天主教的法國站在新教一邊進入三十年戰爭的主要原因之一。
早在三十年戰爭以前，西班牙與法國勢均力敵，不相上下。三十年戰爭期間以及以後，法國的勢力明顯上升而西班牙卻迅速衰落。在1635年開始的“法西戰爭”（Franzsisch-Spanischer Krieg）中，由於三十年戰爭的羈絆，奧地利或神聖羅馬帝國沒有能夠向西班牙提供有力的援助，因而使西班牙在外交上、在戰場上節節敗退。到1659年締結《比利牛斯和約》（Pyrenenfrieden）結束“法西戰爭”的時候，法國已經取代西班牙成為歐洲權勢最大的國家。根據這份《和約》，西班牙國王同意將自己的女兒嫁給法國國王路易十四世（LouisⅩⅣ，1638—1715，1643—1715年在位） ，使法國有權繼承西班牙的部分遺產，並同意將阿圖瓦、弗蘭德爾、亨寧郜、盧森堡和北卡塔洛尼亞割讓給法國。不僅如此，西班牙國王還正式表示放棄對阿爾薩斯的要求，承認《威斯特伐利亞和約》對法國占領此地的規定。西班牙對於法國的屈從標誌著與奧地利或神聖羅馬帝國的合作關係出現破裂，而這種破裂很快在西班牙的王位繼承人問題上顯示出來。