1237年，意大利的局勢以及與羅馬教皇的敵對，迫使弗裏德裏希二世率軍分兩路進入意大利，11月戰勝以米蘭為首的倫巴底城市同盟的軍隊，攻克多座倫巴底城市，但卻在1238年7月攻打一座小城布雷西亞時馬失前蹄，皇帝的軍隊圍攻該城10個月之久後徒勞而歸。意大利地區反德意誌皇帝的勢力借機再起，教皇格雷戈爾九世也因此返回羅馬城。他拆毀敵對貴族的城堡，調停熱那亞和威尼斯之間因貿易競爭而引起的糾紛。1238年，弗裏德裏希二世主持了他的非婚生子恩齊奧（Enzio von Sardinien，1220—1272）與享有撒丁王國四分之一統治權的托雷斯的轄區行政長官之女阿德勒希婭（Adelasia de Lacon - Gunale，1207—1255）的婚事，次年，宣布恩齊奧為撒丁的國王。撒丁島是位於西地中海地區僅次於西西裏的第二大島嶼，從9世紀起該島嶼被分為阿爾伯勒阿（Arborea）、卡利亞裏（Cagliari）、加盧拉（Gallura）和托雷斯（Torres）四個行政轄區（Judikate）。1014年，撒丁島遭受阿拉伯艦隊的攻擊，1016年熱內亞和比薩的艦隊擊退了阿拉伯人，在此後的兩個多世紀內撒丁島一直作為教皇的采邑由比薩領有。教皇把弗裏德裏希二世宣布恩齊奧為撒丁國王看做是強占教皇的封地。1239年3月20日，格雷戈爾九世以弗裏德裏希二世霸占教皇國封地為由，第二次宣布對其處以絕罰，教皇與德意誌皇帝之間的爭鬥烽煙再起。
在這同一年，一直充當羅馬教廷和德意誌皇帝調停者的德意誌騎士團團長薩拉查的赫爾曼辭世。另一方麵，弗蘭西斯修士會的總教長科爾托納的埃利亞斯（Elias von Cortona，1180—1253）則因為積極調停教皇與皇帝之間的矛盾而被教皇免去了教職。緩解政教之間矛盾的兩個重要因素先後消失，雙方之間的相互指責和激戰越演越烈。1240年秋季，格雷戈爾九世邀請意大利、西班牙、德意誌和法國等地的高級教士於次年複活節期間參加在羅馬舉行的宗教會議，他意欲當眾宣布廢黜弗裏德裏希二世。弗裏德裏希二世不甘束手就擒，於1241年的3月在托斯卡納地區的吉廖島附近伏擊了熱那亞艦隊，這支艦隊是負責輸送前往羅馬參加宗教會議的教士們，皇帝俘獲兩名樞機主教、魯昂的大主教、波爾多的大主教、歐什的大主教以及一百多位主教和修道院的院長，將他們拘押在那波利。