13世紀上半葉，德意誌騎士團在第四任騎士團首領薩爾察的赫爾曼的領導下在普魯士地區站住了腳，他在德意誌皇帝和羅馬教皇之間靈活地進行斡旋，獲得雙方給予的特許權，騎士團有了固定的領地，成為一個具有邦國性質的騎士團國家（Ordensstaat）。騎士團國家的領地範圍包括原來的老普魯士地區，即東普魯士、西普魯士、直至1561年一直是獨立的立沃尼亞、今天的愛沙尼亞和拉脫維亞的大部分地區，此外還包括在德意誌帝國境內直屬騎士團首領的教會省區。與其他邦國有所不同的是，德意誌騎士團國家依然保留比較濃重的、類似修道院的宗教性質。騎士團的成員依然要無條件地遵守自己的誓言，要禁欲、放棄財產和對遺產的繼承。另一方麵，騎士團國家還具有很強烈的軍事機構的特點，騎士團國家下設多個轄區，由騎士團首領任命的團長統治管理，每個轄區都修建騎士團城堡（Ordensburg）。在騎士團國家裏，騎士團的首領親自指定五大頭領（Grogebietiger）協助其處理日常事務，即：負責騎士團所有賦稅和相關條約事務的大頭領（Grokomtur）、負責軍事的大長官（Ordensmarschall）、負責醫療救濟的大院長（Grospittler）、掌管財政大權的大財政官（Ordenstressler）、負責裝備的大軍需官（Ordenstrappier）。騎士團國家還效仿西西裏王國，與神聖羅馬帝國之間締結了一種“君合國”（Personalunion）的關係。
自13世紀末期以後，騎士團以反對異教為名不斷地向立陶宛擴張。1308年，騎士團渡過維斯瓦河，占領維斯瓦河左岸大片地區以及但澤市。1309年騎士團又占領波莫瑞海灣地區，並且在但澤市東南方向的諾佳特河畔修建馬林堡（Mareinburg），把在威尼斯的騎士團總部遷移至此。1346年愛沙尼亞被並入騎士團的領地。1398年哥得蘭島也在騎士團的管轄之下。騎士團國家這一係列的擴張不可避免地與立陶宛之間從已有的摩擦升級為武力衝突，由此發生了一場持續一個世紀之久的立陶宛戰爭（Litauerkriege des Deutschen Ordens）。