1519年，出身於哈布斯堡家族的西班牙國王卡洛斯一世當選羅馬人國王，號稱卡爾五世。這樣一來，哈布斯堡家族不僅繼續擁有奧地利、西班牙及其附屬領地，而且還掌握了神聖羅馬帝國的大片國土，其勢力達到了巔峰，成為歐洲第一大王朝。麵對哈布斯堡家族勢力的急劇擴張，羅馬教皇、法國國王以及意大利諸邦國和城市的統治者都惶恐不安，奮起抵製。奧斯曼—土耳其人也乘機入侵，力圖征服東南歐，用新月取代十字架。為了捍衛和鞏固哈布斯堡家族的利益，也為了保護天主教教會和基督教國家，卡爾五世窮兵黷武，連年征戰，雖然屢獲戰果，但也消耗了大量人力物力，以至於無暇也無力整治神聖羅馬帝國國內事務。麵對宗教改革引發的宗教—政治變革，卡爾五世隻好委曲求全，妥協退讓。這也在很大程度上便利了福音教宗教—政治勢力的發展。
從君權神聖和君權至上的觀念出發，卡爾五世力圖在神聖羅馬帝國加強君主權力，實行個人專製統治。然而，這一君主製原則不可避免地與現行的帝國等級製原則發生衝突。勢力日漸強大的帝國等級堅決維護“傳統的自由”，決不容許皇帝的權力過大，並且力圖通過參與帝國政治決策，對皇帝的權力加以限製。迫於壓力，卡爾五世不得不做出讓步，同意設立帝國執政府，恢複帝國最高法院，甚至把奧地利的統治權讓給其皇弟費迪南。然而執政府隻是名義上的中央權力機構，隻在皇帝外出期間代理皇帝行使行政管理權，在帝國采邑和對外政策方麵，皇帝仍保留最終決定權。由此而形成的皇帝與帝國等級的二元體製，嚴重製約了帝國中央政權的辦事效率。
1524—1526年，在宗教改革運動的影響下，普通人革命席卷帝國南部和中部大部分地區，沉重打擊了現行的政治和社會製度。因為不在帝國，卡爾五世沒有直接參與鎮壓起義行動。帝國執政府無軍隊，也無錢招募雇傭軍，不得不借重於士瓦本同盟和各地諸侯的力量。而在鎮壓了普通人革命之後，諸侯集團內部又發生了兩極分化，大多數諸侯依然堅持天主教信仰，部分諸侯卻改宗了福音教，並成為宗教改革的主要支柱。福音教諸侯力圖通過宗教改革擴大自己的宗教政治勢力。天主教諸侯雖未改變信仰，卻也開始驅逐羅馬教皇勢力，控製本邦教會財政稅收和行政管理。諸侯總體實力加強，帝國分裂割據日益加劇。