16世紀中葉至17世紀初，神聖羅馬帝國疆域再次發生變動，洛林的梅茨、圖爾和凡爾登三個帝國主教區為法國所控製，尼德蘭則被西班牙占有，後來又有荷蘭共和國的獨立。帝國人口持續增長，但其速度已經開始減緩。隨著歐洲經濟中心從地中海轉移到了大西洋，神聖羅馬帝國失去了原先具有的、在南北歐貿易中發揮中介作用的經濟地位，加上英國、俄國、丹麥、瑞典、波蘭、荷蘭等國競爭的加劇，礦產資源的枯竭和王室對債務的拖欠等因素，帝國經濟逐漸從繁榮轉向蕭條，漢薩同盟風光不再，不少公司和企業破產，許多商人淪為西歐更發達國家的資本家的業務代辦。教士等級壟斷宗教救贖權的局麵不複存在，其社會地位和威望也大打折扣。大主教和主教等高級教士大都擺脫了對羅馬教皇的依附地位，成為獨霸一方的諸侯，低級教士則基本淪為諸侯的臣屬。世俗貴族同樣向兩極分化，大諸侯通過對邦國教會的控製，勢力愈加壯大，中小貴族則不斷喪失獨立地位，順應時代潮流者尚可在新興君主國中獲得一官半職，抱殘守缺者隻能苟延殘喘。城市市民則深受市政官員寡頭政治和諸侯幹預之苦，幸運者可以通過教育獲得升遷，破產商人和手工業者則麵臨淪為平民的危險。占人口絕大多數的農民並未從農業景氣中獲得實惠，相反，“再版農奴製”和經常發生的天災人禍卻加劇了他們的苦難。
這一時期，神聖羅馬帝國仍擁有相對完整的主權，皇帝、帝國等級會議、帝國最高法院、帝國行政區等權力機構依然淩駕於各邦國之上，可在和平環境中，把大大小小、部分業已具備主權國家性質的邦國整合在一起。盡管爭鬥不斷，在涉及宗教和解及國內和平等重大問題上，皇帝與帝國等級還能勉強保持一致，隻是皇帝的權力受到極大限製，帝國等級以“勤王”為由，要求更多的自由和特權。皇帝變成了一個憲法意義上的君主，隻能在選侯們同意的條件下發號施令，既不能在帝國境內建立君主專製和統一民族國家，也不能徹底消除宗教“異端”，有效抵禦外來侵略。各邦君主卻在自己的轄區內開始了更大規模的國家建設，建立和完善行政、司法機構，招攬朝臣，排斥等級，加強對城市控製。特別是通過邦國教會的建立，邦國君主進一步擴大了自己的權力範圍，增強了自己的經濟和政治力量。