在15世紀末、16世紀初，帝國經濟曾經十分繁榮，一度處於歐洲的首位，但自16世紀中葉起，歐洲經濟中心從地中海轉移到了大西洋，意大利與中歐和北歐的貿易大幅減少，帝國失去了原先具有的、在這一貿易中發揮中介作用的經濟地位，加上英國、俄國、丹麥、瑞典（呂貝克在1563—1570年與瑞典之間的長期戰爭中慘遭摧毀）、波蘭、荷蘭等國競爭的加劇，礦產資源的枯竭和王室對債務的拖欠等因素，神聖羅馬帝國經濟迅速地從繁榮轉向蕭條，帝國南北部各城市的經濟地位每況愈下，漢薩同盟風光不再（1593年安特衛普商站關閉，漢薩同盟在佛蘭德活動宣告終結），許多大公司和大企業破產倒閉，大量商人淪為西歐較發達國家商業資本家的業務代辦。
商路轉移對於帝國經濟產生了許多不利影響，但在過去這種不利影響被誇大了。大城市的經濟數據依然呈現雖然有些減弱但仍進一步上升的發展趨勢。帝國南部施瓦本城市位於從上意大利到尼德蘭、從法國南部到哈布斯堡東南部這一巨大商業貿易地區的切點。人口的增加、經濟的集約化和工商業生產的擴大開啟了新的機遇和贏利的可能。其基礎是紡織品生產和香料、番紅花和奢侈品貿易。貨幣像以往一樣流行。禁止利率超過5%的命令到處被規避著。基督徒比從前的猶太人更貪戀金錢。所有人都想用投機的方法，例如兌換金錢和簽訂巧取豪奪的契約等，發財致富。
尼德蘭因為戰爭和動亂，經濟發展陷於停滯。帝國城市科倫的商業貿易卻乘機活躍了起來。弗拉芒（Flamen）、瓦龍（Wallonen）、意大利和葡萄牙商人的大量湧入，極大地促進了該市的經濟生活，並使它取代尼德蘭，成為在東北歐、伊比利亞半島和意大利三地之間進行遠程貿易的基地和中轉站。萊比錫和美因河畔法蘭克福也保持著舊日的繁榮，其博覽會仍然是歐洲最吸引遊人的活動。