自1495年帝國改革以來，選侯會議、帝國等級會議、帝國行政區、帝國大區會議、帝國代表會議和帝國最高法院等機構，逐漸成為淩駕於各邦國之上的神聖羅馬帝國常設權力機構，盡管維持維艱，效率低下，但直到17世紀初，大都能夠正常運轉，甚至有所鞏固和加強。
選侯會議在選舉國王和皇帝（如1558年費迪南二世當選，1562年馬克西米連二世當選，1575年魯道夫二世當選）、製定一般性帝國政策（如1567年的軍備控製、1572年的土耳其同盟）等方麵發揮了重要作用。
在1556年教派對等原則確立後，選侯集團的權威性擁有了一種特殊意義。三位天主教選侯（美因茲大主教、科倫大主教、特裏爾大主教）對三位福音教選侯（薩克森公爵、勃蘭登堡馬克伯爵、普法爾茨邦國伯爵），票數相等，這一點在雙教派的帝國十分重要。選侯集團的仲裁唯有超越教派差別，才能為其他帝國等級和一般臣民所認同。大多數選侯也深曉此理，盡可能地采取不偏不倚的態度。隻是由於普法爾茨選侯後來接受了具有明顯歸正宗特色的福音教之後，教派問題才又開始突出出來。此時，同屬福音教的信義宗與歸正宗之間的對立，一點不亞於福音教與天主教之間的對立，甚至有過之而無不及。然而，選侯們很少單獨開會議事，他們完全可以憑借特有的優先權、雙教派性和政治協調性，在帝國等級會議、帝國大區會議和帝國代表會議（Reichsdeputationstagen）上發揮決定性影響，主導大政方針。
帝國等級會議是一個立法機構，主要討論諸如維持國內和平、對外戰爭、貨幣和稅收等現時問題。開會程序與1495年以來形成的模式別無二致，新出現的僅僅是嚴格的分院議事：選侯、諸侯和城市代表在自己所屬的院內進行討論，各院獨立做出決定，隻在涉及鑄幣、公布賬目、陳情申述和最後修訂帝國決議諸問題時，才共同組建專門委員會進行協商。在1556—1582年，帝國等級會議總共開過六次，時間分別是1556—1557年、1559年、1566年、1570年、1576年和1582年，這些會議總體上說富有成果，比較順利地通過了一些決議。而在1608年的雷根斯堡帝國等級會議上，教派衝突再次爆發，信奉加爾文教的普法爾茨選侯弗裏德裏希四世（Friedrichs IV. ，1574—1610）用武力驅散了參加帝國等級會議的代表，致使帝國等級會議這個最重要的帝國立法機構陷於癱瘓，帝國中央政府長期無法正常工作。