宗教改革和普遍的動亂一度使神聖羅馬帝國的教育事業蒙受了嚴重損失。宗教改革家對天主教教會的攻擊，引起人們對直接或者間接受教會管轄的一切學術機構的敵視；福音教諸侯沒收天主教財產，侵占支持教會辦學的捐贈基金，導致許多鄉村學校被迫關閉，拉丁文學校、大教堂和修道院學校學生大批流失，城市德文學校也多半荒廢了。就連諸侯向來看重的大學也受到嚴重打擊；與1525年相比，1535年大學在讀學生的數量減少了3/4。人文主義者憂心忡忡，抱怨連連，伊拉斯謨甚至驚呼，“凡是馬丁路德得勢的地方，文學和學術事業就完蛋了”。
然而，混亂倒退的局麵很快得到扭轉。宗教改革家與邦國行政管理部門通力合作，積極開展教育重建工作，特別是大學的重建工作。宗教改革家因為其閱讀聖經主張，敏銳地意識到大眾教育的重要性，也迫切希望通過教育，培養有學識、能夠布講“抽象的聖經”、闡述和宣傳福音教教義、反抗天主教的精神統治的牧師；世俗政權則需要受過良好教育的專業人才，充當正在擴張的各級政府機構的官員。
到16世紀下半葉，隨著局勢的穩定，辦學熱潮再度興起，各級學校紛紛建立，學校製度、教學內容和形式也得以重新調整，以至於有人提出了“教育革命”之說，認為宗教改革之後，在西方教育史上出現了一個突破和革新階段，堪與1800年前後教育製度的巨大變革相媲美。
首先是學校數量、規模和類別的增加。按照宗教改革家大眾教育理想創辦的“國民學校”（Volksschule）在神聖羅馬帝國北部城鄉大量建立起來，基礎教育廣為普及。維登貝格大學教授、宗教改革家梅蘭希通和附膺梅蘭希通教育思想的施特拉斯堡福音教教育家約翰·施圖爾姆（Johann Sturm，1507—1589）創辦的、號稱“學院式文科中學”（Akademischer Gymnasium）的文法中學（Schola Argentoratensis）則為福音教中等教育樹立了榜樣，在馬格德堡（1524）、埃斯勒本（1525）、紐倫貝格（1526）、霍爾恩巴赫（Hornbach，1559）、勞英根（Lauingen，1561）、柏林（1574）、阿爾特多夫（1575）、赫爾博恩（Herborn，1584）、施泰因斯富特（Steinfurt，1591）、施塔特哈根（Stadthagen，1610）、不來梅（1610）等地，福音教較高級學校後來演變成古典色彩甚為濃厚、專門訓練王公貴族子弟的文科中學。城市拉丁文學校和修道院學校雖然繼續以學習拉丁文為主，但也效仿施特拉斯堡文法中學模式，增設神學和哲學課程，學製三年，其畢業生可以直接升入大學文學院學習。加爾文在1559年創辦的日內瓦學院，也是以施圖爾姆辦學模式為榜樣的。