不幸的是，崇禎帝根本聽不進此類勸告。在他看來，局麵之所以惡化至如此地步，吏治是首要原因。要整頓吏治，大概也隻有通過重典，別的辦法沒有什麽用。因此，當這年年底有一位叫吳甡的山東禦史提出利用崇禎二年（1629）的京察，進一步對閹黨進行清算時，崇禎帝立即采納了他的主意。
山東禦史吳甡上疏說：
“京察就近在眼前了，因此十分擔心魏氏餘奸利用京察，蒙混過關。這些餘奸的所作所為，已超出了考功之法的範圍，也不是考功之法所能定奪的。因此有必要先令部院科道，把魏氏黨羽的罪名，清理一遍，先行懲處之後，再開始正常的京察。”
吳禦史的意思，就是先要把魏氏集團的成員或與之有關的官員的舊賬先清一清，該處理的先行處理，不要與正常的京察混在一起。這樣一來，許多官員勢必要被京察前的清算所打擊，連京察的機會也沒有，其打擊麵是相當大的，朝廷的動**也在所難免。
崇禎帝采納了他的意見，認為此舉不失是改變朝廷政治的一條出路。在崇禎帝看來，帝國的局麵，經過他一年多的苦心經營，理應有中興的跡象，至少也應有所改觀，但實際上並非如此，仍多有掣肘，積重難返。原因到底是什麽呢？他仍認為是吏治。因此，他便想借京察之機徹底整肅一番，且選定魏、崔集團的成員或有關聯的那些人為目標，當時他也隻能選此為目標。
崇禎二年（1629）正月二十四日，主意已定的崇禎帝召閣臣韓鑛、李標、錢龍錫及吏部尚書王永光到文華殿。崇禎帝給他們交待了任務。他明確表示要追究天啟時那些附逆人員的罪行。為了確定證據，他發下當時那些有關給魏忠賢建祠稱頌的奏疏，要求上述四人與左都禦史曹於汴在內閣秘密評閱，確定名單，分定罪行，並再三叮囑，不許讓中書舍人之類的人員參預。至於具體的範圍和依據，崇禎帝說：