長山、大淩河之敗，使孫承宗的神話破滅。朝廷中的不滿和攻擊，猶如急風驟雨般向孫承宗和丘禾嘉壓來。
在許多朝廷官員看來，朝廷剛與後金開始接觸議和，兵火才息，而孫承宗、丘禾嘉卻要惹是生非，去修築什麽大淩河城，惹惱了皇太極，遂造成了長山、大淩河慘敗。
作為前線的最高指揮官督師，孫承宗自然應對長山、大淩河的失敗負一定責任。但所謂“築城起隙”之類的邏輯，孫承宗自然難以接受，心裏很不是滋味。同時，他更看出了溫體仁之輩的險惡，也體會到了在猜忌多疑的崇禎帝手下做事的難處。因此，在長山慘敗後，他便以年老為由，多次上疏，要求致仕。
崇禎四年（1631）十一月，崇禎帝批準孫承宗致仕，令驛站車馬送其回高陽原籍。不久，因言官追論孫承宗“喪師辱國”之罪，崇禎帝下令奪其官職閑居，並剝奪寧遠世蔭。到清兵後來進攻高陽時，年近古稀的孫承宗尚率家人拒守。城破後，孫承宗望闕叩頭，上吊自殺，為大明朝盡了忠節。
當時已調任南京太仆寺卿的原遼陽巡撫丘禾嘉，也被追論。丘禾嘉以病為由辭職。
在孫承宗辭職後不到一個月，即此年閏十一月，山東便發生了一件大事，那就是登州遊擊孔有德等將領發動叛亂。
這批將領，原都是毛文龍的部將。袁崇煥誅殺毛文龍後，其舊部由副將陳繼盛統轄。但不久，參將劉興治在皮島發動叛亂，殺陳繼盛等十餘人。總兵黃龍隨即赴皮島鎮壓，皮島亂兵一哄而散。
孔有德、耿仲明原籍山東，礦徒出身，曾是遼東海盜，後投毛文龍，與尚可喜一起，被稱為“山東三礦徒”，是毛文龍手下的骨幹將領。孔、耿因不服黃龍統轄，便叛離皮島，率部來投登萊巡撫孫元化。
登州（今山東蓬萊）是當時山東半島上的重要軍事要塞之一。在天啟初，為了協調對後金的作戰，在山東設登州、萊州（今山東掖縣）巡撫，援助遼東前線。當時任登萊巡撫的是孫元化，嘉定人，舉人出身，被任命之前曾任寧前道兵備副使。