孔有德、耿仲明率部泛海退往遼東時，駐紮在旅順一線的明總兵官黃龍率兵邀擊。黃龍的水軍很能打仗，在海上把這支叛軍打得七零八落。李九成的兒子李應元被斬殺，毛承祿、陳光福被俘。耿仲明的弟弟、黃龍的部將耿仲格，試圖密謀叛亂，接應其兄，幸虧被黃龍及時發覺而斬殺。
吃了大虧的孔有德、耿仲明，仍憑著勇氣和經驗，帶出了包括一些軍人家屬在內的萬餘名部下，突上了遼東的陸地。他們懷著對明朝，尤其是乘危邀擊他們的總兵黃龍的刻骨仇恨，直奔後金而去。
皇太極早就命人率軍在指定地點迎接他們。後金兵幫助他們擊退了明朝的追兵，賜以黃金和酒食，並許諾說，隻要歸順後金，就可在遼陽附近居住。走投無路的孔有德、耿仲明等人，正求之不得，自然是一口答應，隨即率軍向沈陽迸發。
對這批大明朝的叛兵亂卒，皇太極給予了相當高的禮遇。皇太極親自出沈陽迎接他們，並免跪拜之禮，改用女真人的抱見禮。而孔有德等堅決不肯，堅持要行跪拜之禮。最後，雙方妥協，先行抱見禮，再由孔有德等行跪拜之禮。接著，孔有德獻上從登州搬來的大炮，皇太極十分高興，允許他們駐紮在遼陽之北的新建城市，並授以要職，予以重用。
皇太極之所以對這批人如此另眼相待，除其一貫的用人風格外，還有現實的考慮。孔有德、耿仲明等人，長期生活在遼東，非常熟悉情況，不僅有相當豐富的戰鬥經驗（包括女真人當時尚不太熟悉的海戰），而且還接受過孫元化的係統訓練，能操作歐式火炮。另外，這些人都曾在毛文龍手下任過職，既當過官軍，也做過強盜，有一套籠絡、團結部下的有效手段。他們的軍隊，都是由他們完全控製的私人式部隊，與組織渙散的一般官兵很不一樣。盡管最後突圍到遼東的軍隊僅萬餘人，但骨幹仍在，隻要稍加充實，便是能征善戰的悍兵。孔有德、耿仲明後來的經曆，也證明了這點。