崇禎七年（1634）十一月，崇禎皇帝曾作了一次較大的人事調整，那就是把陳奇瑜撤職查辦，代之以洪承疇。
陳奇瑜在漢中因撫局失敗而放跑農民軍主力以後，崇禎皇帝並沒有立即查辦陳奇瑜，反而繼續支持陳奇瑜，撤辦那些被陳奇瑜指責為破壞撫局的陝西方麵官員，如李嘉彥（寶雞知縣）、練國事及士民五十餘人，並派遣李喬代替練國事出任陝西巡撫。
崇禎帝之所以這樣做，一方麵是希望陳奇瑜能將功補過，重新扭轉戰局；另一方麵，說實在的，也是因為他根本沒有認識到農民軍脫離漢中險境後，能如此迅速發展，把局麵攪成這種樣子。
隨著陝西局麵的惡化，以及給事中顧國寶和禦史傅永淳等不斷彈劾陳奇瑜的主撫誤事，崇禎帝終於發現陳奇瑜惹下了多大的麻煩。當時，陝西方麵的官員對陳奇瑜意見最大，認為陳奇瑜不僅做事不力，貽害陝西地方，而且還反過來指責陝西方麵的官員，使不少陝西官員士紳受到處罰。因此，陝西方麵的言論大有置陳奇瑜於死地而後快之勢。
不知這些陝西方麵的人士當時有沒有想到，陳奇瑜這個外省人，雖貽誤戰機，給陝西惹下麻煩，但農民軍中的絕大多數，都是陝西人。說到底，還是陝西人給陝西惹下了麻煩。
在各方壓力之下，崇禎帝決心臨陣易帥，下令逮捕陳奇瑜，同時任命洪承疇出任兵部尚書，持尚方寶劍，總督晉、陝、豫、川、楚諸省軍務，全麵負責圍剿農民軍之事。延綏、寧夏、甘肅三邊的防務，仍由其負責。
洪承疇當時已是崇禎帝在西北的王牌。在起用陳奇瑜時，朝廷曾考慮過調用洪承疇負責剿“賊”事業，但因西北邊防事重，不能輕易換人才作罷。崇禎七年（1634）五月，後金攻人宣大一線，洪承疇匆匆赴邊作戰，至閏八月才回師陝西，投入對農民軍的作戰。沒想到在這節骨眼上，西寧（今青海西寧）發生兵變，叛軍殺州官，逐守道，鬧得很凶。洪承疇隻得親赴西寧平亂。他這一走，本已空虛的陝西，更是擋不住農民軍的攻勢，弄得農民軍盡占關隴之地。