在崇禎十一年（1638）九月至崇禎十二年（1639）三月，多爾袞率兵橫掃京畿五個多月，大獲全勝之後，明、清雙方又進入了一個相對僵持階段。明朝為扭轉形勢，全力布防，而清朝則在積極備戰，伺機發動新的進攻。
盧象升死後，朝廷先命從陝西前線趕來的陝西巡撫孫傳庭代督諸鎮援兵，以應付時局。陝西總督洪承疇趕到後，朝廷進行分工。洪承疇任薊遼總督，陝西入援兵馬由其指揮。孫傳庭則總督保定、山東、河北軍務。
孫傳庭為人直爽，敢說敢幹，而且在陝西打得也很不錯，於是說話便有些失分寸。當他一趕到京畿前線時，就上書說：“近來疆事決裂，由計劃差謬。事竣，當請決大計。”此言自然得罪了楊嗣昌。楊嗣昌從此對他不滿，並開始羅織罪名進行報複，同時支持洪承疇。可是孫傳庭還是敢說敢講。當楊嗣昌等決定以洪承疇所率陝兵守衛薊遼的計劃時，孫傳庭竟又反對道：
“陝西兵不能久留於此！陝西賊未徹底剿滅，陝西兵馬留此不歸，餘賊必會死灰複燃。這是幫了李自成等賊的忙。況且陝籍士卒妻兒俱在陝西，如久留於邊，陝兵必定會嘩變逃歸，甚至從亂。這簡直就是驅逼官兵從賊！”
事實上，孫傳庭此言很有道理。如果陝西的兵馬不被立即抽空，那麽，中原、湖廣的局勢也不至於會惡化到後來的地步。有人甚至說，如果不是熊文燦力主撫局，姑息養奸；如果不把孫傳庭、洪承疇在大局初定時匆忙抽調出陝西前線，那麽，李自成、張獻忠之亂決不至於弄到後來那種不可收拾的地步！
遺憾的是，楊嗣昌根本不理睬孫傳庭的建議。孫傳庭則要求入見皇帝，當麵向皇帝匯報。楊嗣昌擔心孫傳庭會在皇帝麵前說不利於自己的話，於是堅決反對。孫傳庭在憤恨交加之餘，便以耳聾為由，上疏乞求致仕。而楊嗣昌則乘機彈劾孫傳庭托疾。不明緣由的崇禎帝勃然大怒，先是把孫傳庭削籍為民，同時令人察核孫傳庭是否真的有病。調查者據實稟報，孫傳庭是真聾而非托疾。但先入為主的崇禎帝卻認為其中有詐，竟把調查者和孫傳庭一起逮捕入獄。孫傳庭的被捕，對當時的朝廷來講，真是一大損失！