1790年3月1日，正當漢密爾頓深陷償債基金方案的重重矛盾衝突之中時，托馬斯·傑斐遜從蒙提塞羅出發，前往紐約就任國務卿。傑斐遜於1789年10月起程離開巴黎，結束了為期五年的美國駐法國公使一職。11月末，當他在弗吉尼亞州的諾夫克靠岸時才收到華盛頓邀請他在內閣任職的信件。在此之前，參議院已批準了這項提名——當時的參議院尚處於容易輕信的嬰兒期。與亢奮的漢密爾頓欣然受命，並迅速展開工作不同，傑斐遜整個冬季都在猶豫是否要去國務院工作，直到1790年2月中旬才接受任命。
同樣的，當漢密爾頓、麥迪遜和傑伊在《聯邦黨人文集》中捍衛憲法時，傑斐遜則對美國的新憲章拿不定主意。有時候，他似乎表明他的觀點：更讚同《邦聯條例》的拚湊版本。“其中有些條款很好，但有一些非常糟糕，”他在巴黎評判新憲章時說，“我也不確定到底是好的多還是糟糕的多。”[1]他還向麥迪遜表示，他喜歡政府分為三大機構，同時對他最熱衷談論的權力——行政權表示出極大的懷疑。在費城時，漢密爾頓認為如果總統表現良好的話，就應該終身任職，而傑斐遜則反對任何形式的總統連任。他告訴麥迪遜：“我承認自己不太適合一個強有力的政府，我總覺得它是壓迫性質的。”[2]這樣一個人，注定要與漢密爾頓針鋒相對，並對是否在新政府中任職還心存疑慮。
1789年春天，國會首次召開會議時，傑斐遜在憲法問題上立場仍然曖昧。當被問及究竟是聯邦黨人還是反聯邦黨人時，傑斐遜避而不談，反倒表示自己反對一切黨派標簽。“我向諸位聲明，我不是聯邦黨人一派，”他對賓夕法尼亞州法官、《獨立宣言》簽署者弗蘭西斯·霍普金森（Francis Hopkinson）解釋道，“但是我更不屬於反聯邦黨人。”[3]不過，盡管有許多保留意見，托馬斯·傑斐遜還是決定進入新政府工作。