即使在履行新部隊監察長職責的同時，漢密爾頓仍會抽空料理一些案件。刑事案件對他幾乎沒有吸引力，他比較喜歡內容涉及憲法問題的民事案件或者能產生豐厚律師費的商業案件。在偶爾承接的刑事案件中，他通常會為劣勢方免費提供律師服務，這再次說明，曆史上把漢密爾頓描述成一個驕狂的勢利之徒是不正確的。1800年春天便有過這樣一個案子。漢密爾頓認為一個名叫利維·威克斯（Levi Weeks）的年輕木匠被錯誤地指控謀殺。如同在戰後一些涉及親英派案件中的表現一樣，漢密爾頓無法接受公眾要求，對當事人實施殘酷報複。
在紐約的犯罪記錄中，利維·威克斯一案經常被稱作“曼哈頓水井慘案（Manhattan Well Tragedy）”，漢密爾頓和亞倫·伯爾在這起案件中再次相遇。乍一看，案情並不複雜，不過是一個純潔少女被流氓男友無情拋棄的老故事。1799年12月22日那個下雪的夜晚，22歲的古裏爾馬·桑茲（Gulielma Sands）離開了她在格林威治大街的住所。她寄居在親戚家，房東是貴格會中令人尊敬的凱瑟琳和伊萊亞斯·林夫婦（Catherine and Elias Ring）。人們相信她跟她的男友利維·威克斯私奔了，威克斯也是這棟房子的租客之一，並且有人看到她離開前與他在談話。那天晚上晚些時候，威克斯獨自一人回到了伊萊亞斯·林的家，詢問桑茲是否已上床睡覺，卻驚訝地發現她壓根兒就沒回來。1月2日，人們在曼哈頓公司所屬的一口水井內發現了桑茲的屍體，死者衣衫完好。或許是因為他創辦了這家公司，因此亞倫·伯爾和漢密爾頓還有布羅克霍斯特·利文斯頓為利維·威克斯辯護，否認謀殺指控。
古裏爾馬·桑茲的屍體已經出現了屍斑，臉部和胸部瘀傷嚴重。公眾被這些血淋淋的事實震驚了，街頭小報猜測她已經懷孕才被威克斯謀殺的。伊萊亞斯·林和凱瑟琳夫婦對這一猜測起了推波助瀾的作用，伊萊亞斯回憶說，桑茲失蹤的那個晚上，威克斯回家時，“看起來麵如死灰，渾身上下就像一個簧片那樣不停抖動”。[1]林夫婦甚至在其經營的家庭旅館舉辦了令人感到恐怖的展覽。他們將棺材中桑茲的屍體展示了三天，然後在外麵的人行道上擱了一天，以滿足人們殘忍的好奇心，讓他們自己判斷她是否懷孕（驗屍陪審團說她沒有懷孕）。聲討利維·威克斯的怒潮一浪高過一浪，據一名當地人的日記記載“人們幾乎不談論別的事情，隻有曼哈頓公司水井裏有一個可怕的幽靈的流言在滿天飛舞”。[2]對威克斯的訴訟帶著濃重的女巫般的複仇情緒。起訴書中說道：“在他的眼中沒有對上帝的敬畏，卻被魔鬼的慫恿所驅使和**”，威克斯在謀殺之前“毒打並辱罵了”桑茲，然後將她推進了水井裏。[3]