就在弗吉尼亞殖民地建立的同時，英國人在北方新英格蘭地區的殖民活動也陸續展開。早在1606年夏，與弗吉尼亞公司同時成立的普利茅斯公司就曾根據國王的特許狀，派出一個探險隊前往北美。1607年他們來到今緬因州境內的薩加達霍河口（Sagadahoc）並建立了殖民據點，但是一年後由於該地冬季嚴寒，特別是由於經費問題以及與當地印第安人的衝突，大多數移民最後渡海回國，英國人在新英格蘭建立殖民地的努力宣告失敗。[115]1614年，約翰·史密斯探險來到這一地區，並將此地命名為“新英格蘭”。然而，直到1620年，因一批英國清教徒來到這裏，才在這裏建立起永久的殖民地。如果說弗吉尼亞的第一代移民是抱著追求財富的目的來到新大陸，那麽建立新英格蘭的始祖們則更多地是為了尋找宗教理想的新天地。這使得新英格蘭這塊被認為是“貧窮、寒冷和無用”的地方[116]，最終成為英國的“清教殖民地”。
北美清教殖民地的建立與英國國內宗教矛盾的發展直接相關。17世紀初，英國社會轉型加速進行，各種矛盾十分尖銳，宗教鬥爭日益發展。亨利八世的宗教改革一方麵使天主教在英國處於弱勢地位，為了免受排擠和打擊，許多天主教徒選擇離開；另一方麵，英國國教會內部發生分裂，出現了清教及清教運動。清教中的激進派別即分離派極力主張脫離國教會，建立獨立的教會團體，由地方行政當局控製宗教事務，並為此進行了堅決的鬥爭。結果，清教運動受到壓製，清教徒遭遇迫害。1604年，詹姆士一世主持召開了包括聖公會和清教徒參加的漢普頓王宮會議（Hampton Court Conference），針對清教徒提出的改革主張，詹姆士一世態度堅決。在詹姆士一世看來，國教的基本內容不容討論，必須堅持一種教義，一種戒律和一種宗教儀式。漢普頓王宮會議後不久，詹姆士國王批準了《教規法典》，要求所有獲得神職、聖俸或得到許可證的教士必須宣誓服從《至尊法》和《公禱書》，有300名清教徒因未宣誓而被革除教職並失去了俸祿。如此宗教政策使大批清教徒對國家喪失信心，正如清教牧師托馬斯·胡克（Thomas Hooker）所表達的：“我們在這裏已沒有安身立足之地，我們要離開英國前往其它地方傳播基督福音。”[117]於是，一批來自諾丁漢郡斯克羅比（Scrooby）的分離派清教徒於1607年離開祖國，前往荷蘭，並定居於荷蘭的萊頓，以尋求宗教自由。他們選擇荷蘭的原因在於“荷蘭人一直在為人民的自由和心靈的自由而戰，並願意為一切世人提供這種自由”。尤為重要的是“在荷蘭，每個公民的信仰自由都能得到保障，任何人在宗教信仰問題上都不得侵擾和質疑他人”[118]。然而，在長達十年的流亡生活之後，他們發現萊頓並非他們的理想之地，艱難的生活、不良環境對子女的影響、荷蘭與西班牙爆發戰爭的危險等，都使這些清教徒對自己的前途和宗教責任深感憂慮。清教領袖之一的布拉福德真實地描述了他們當時的處境：“他們在艱苦的環境裏如同被流放一般生活著，而且更大的不幸可能即將來臨，西班牙和荷蘭的‘12年休戰期’結束了，除了備戰的鼓聲聽不到其他的聲音。西班牙人或許將要以實際行動證明自己和美洲的野蠻人一樣殘酷。”[119]此時英國人在北美的殖民活動及相關信息促使這些清教徒將目光投向了北美，在他們看來，廣闊的北美荒原更適宜建立真正的神聖社會。於是，1616年冬，他們決定向北美遷移，以尋找信仰自由。他們希望在弗吉尼亞公司管轄的地區建立自治團體，以實現宗教理想。