對於宗主國而言，開拓殖民地的基本目的是獲取經濟利益，而不是任其自由發展，這是重商主義理論的基本要求，也是英國社會自我發展的迫切需要。內戰爆發後，英國議會從英王手裏接管了政治權力，出於與王權鬥爭的需要並考慮英國商人集團的要求，議會對殖民擴張問題表示關注。為了發展鞏固與殖民地的關係，長期議會采取了授予殖民地以商業優惠特權的政策，這是長期議會執行殖民政策的開始。1643年10月，長期議會通過法令，任命羅伯特·沃裏克（Robert Warwick）伯爵出任所謂“所有現在或未來由英王陛下臣民定居、開發或領有的美洲境內剩餘島嶼以及其他殖民地的總督和海軍最高長官”，由此組成了一個管理殖民地及其貿易的機構“沃裏克委員會”。[80]該委員會盡管與當年查理一世時組建的以勞德大主教為首的殖民地管理委員會相似，但議會對殖民地進行集中管理的意圖顯露無遺。根據長期議會的指令，該委員會軟硬兼施，一方麵通過對殖民地實施進口關稅優惠製度，以獲得殖民地對議會的支持；另一方麵對與議會作對或在議會與國王的鬥爭保持中立的殖民地的貿易予以打擊。但長期議會基本不幹涉或盡量回避殖民地的內部事務及相互之間的矛盾，諸如政治體製和邊界問題，這種做法已經蘊涵了重商主義殖民政策的基本因素。
為了密切宗主國與殖民地的關係，長期議會主要關注殖民地的貿易。議會1644年發布命令，規定“任何商人……從英國運往新英格蘭或從新英格蘭運往英國的一切產品和商品，在英國以及新英格蘭，都免交關稅等稅收或罰款。”1647年發布的法令規定各殖民地必須用英國船隻來進行貿易，聲稱：“鑒於在弗吉尼亞、百慕大群島、巴巴多斯島以及美洲其它地方有許多殖民地可以擴大航行，對王國十分有利，對輸入王國的這些殖民地產品征收的進出口稅，無論在過去和現在都帶來了好處……為更好地發展上述殖民地，為了幫助股東，在議會開會的上院和下院茲作出決定……凡是為滿足這些殖民地日常生活所需而在那裏推銷的一切貨物，我們王國任何一個臣民都可以從王國出口，除支付消費稅外，免除一切關稅、補助金、捐稅或其它對商品征收的費用，期限3年，但不包括紐芬蘭島的殖民地……”[81]法令在給這些殖民地提供經濟優惠的同時，又規定它們隻能用英國船隻裝載本地產品運往其它國家，並規定對貨物是否確實運往上述殖民地實行監督。此法令實際上已經提出了日後《航海條例》的基本原則，但是由於此時議會主要著眼於國內事務，無力嚴格執行有關法令，所以許多法令要麽僅是權宜之計要麽根本無法實行，有些法令甚至遭到殖民地的拒絕。馬薩諸塞殖民地就斷然否決英國議會在該殖民地的立法權，宣稱“英國議會的法律不再有效，國王印章下的令狀也同樣如此”。[82]