按照重商主義的基本原則，殖民地是由母國製造並為母國服務的，殖民地應當成為宗主國的商品銷售市場和原料、短缺物品的供應地，應推動宗主國的海外貿易，增強其國力。正如同18世紀一位英國商務部官員所說的：“殖民地的一切行動，都應服從母國的利益，因為母國保障了它的存在以及一切有價值的特權。一切與母國利益不相符合的對殖民地有益的計劃或商業上的好處，都應被認為是非法的，不能允許它們實施，因為它們是與殖民地存在的意義背道而馳的……如果殖民地不能被利用，那麽國家還不如沒有殖民地。”[93]因此，1660年斯圖亞特王朝複辟後，英國對已有殖民地的行政和經濟活動日益加強限製，其重商主義意圖日益明顯。
1660年，英國議會頒布更為詳細的《航海條例》，其目標不僅是打破荷蘭在大西洋貿易中的統治地位，而且是強化對英屬殖民地的控製，但是由於缺乏強製執行的機製，它並未產生理想的效果，對殖民地貿易的影響不大。此後英國又不斷通過相關法令加以補充，在1663年頒布《主要物產法令》後，1673年又頒布了《殖民地關稅條例》，根據此條例，凡運輸屬於1660年《航海條例》中的“列舉品”出口的船隻，必須交納1000—2000鎊的押金，以保證貨物在英格蘭港口卸貨。為此，英國先在北美南部殖民地、後在所有殖民地設立關稅稽查官員，以保障《航海條例》等英國法律得到真正貫徹執行。為了實施對殖民地的常規化管理，加強對殖民地的行政和經濟控製，英國政府還強化了相關組織措施。1660年，英國設立了有關殖民地及海外貿易問題的兩個機構——貿易委員會（The Council of Trade）和對外拓殖委員會（The Council of Foreign Plantation），後一機構的任務是專門“統一監督與管理”分散、無序的殖民事務。但實際這兩個機構基本上隻是向國王報告情況和提供建議的谘詢機構，並未發揮多少實際作用。1672年，上述兩機構合並形成“貿易和拓殖聯合委員會”（Joint Council for Trade and Plantation），其主要職能是收集相關情況並向國王提供有關殖民地及貿易方麵的建議，關注殖民地的發展及英國與殖民地的貿易、航運事業。但不久這一機構即被撤銷。1675年，英國樞密院設立由社會上具有一定地位和影響的人組成的貴族貿易委員會（Lords of Trade），其主要職能是向政府提供殖民地執行關稅法的具體情況，以推動殖民政策的貫徹執行。這是英國首次設立專門機構負責北美殖民地事務，它表明複辟時期的英國政府試圖對殖民地實施統一管理，以期“在北美和西印度群島創建更為一致的執行國王意誌的政府。盡管尋求帝國集權化的行動經常雜亂無章，但統一的趨勢毋庸置疑”。[94]英國對殖民地加強管理的重點是維護英國的經濟利益特別是貿易利益。作為宗主國，英國認為建立殖民地並使其為宗主國服務是英國推行重商主義政策的重要內容和關鍵，執行《航海條例》既是英國與其它歐洲殖民國家進行激烈貿易競爭的需要，又是作為宗主國經濟和政治所屬物的殖民地的重要義務，也是對英屬殖民地的某種保護。然而，對殖民地來說，《航海條例》標誌著英國強化對殖民地的管理，它剝奪了殖民地的自由決策權，限製了殖民地對外經濟活動，提高了殖民地對外貿易的成本，因而遭到殖民地的不滿和抵製，很難達到預期目的。所以，英國對殖民地加強管理的過程是和殖民地的抵製和鬥爭連接在一起的，雙方的博弈又與英國國內政局的變化直接相關。