托馬斯和懷特海不失時機地建立了他們在查塔努加的第一家工廠。在這個地區進行瓶裝項目有著相當大的風險，硬要幹下去也隻能將就湊合，防毒麵具和笨重的防護手套是該行業的必需品。依靠人力腳踏作為動力來源的機器，每次隻能給一個瓶子裝上蓋子。清洗這種可重複利用的瓶子時，得把一個金屬球放進空瓶子裏用力搖動，才能把瓶裏積累已久的髒東西清洗幹淨。瓶裝商慣常的做法是，把容量為10加侖的小桶提起來，通過地心引力將糖漿倒入瓶子裏。但是，連接小桶和瓶子的軟管接頭處常常鬆動，糖漿就難免泄漏出來，弄得到處都是黏黏糊糊的。難怪托馬斯和懷特海不久就決定，把實際的瓶裝作業交給其他人（即瓶裝廠）去做。
1899年11月12日，托馬斯和懷特海在《查塔努加時報》刊登了他們的第一則小廣告：“在所有車站、食品雜貨店和酒吧，你隻要花5美分，就能喝到一瓶可口可樂。”這個廣告雖然很短，但在可口可樂未來的日子裏卻被重複了無數遍。“車站、食品雜貨店和酒吧”是對可口可樂銷售渠道的革命性發展，可口可樂的銷售對象由此擴大到了一個嶄新的階層。當時，查塔努加還沒有一個人注意到這點。與那則小廣告同期的《查塔努加時報》上還登了一篇文章，詳細列出了小鎮上較活躍的公司的經營範圍，還有各個行業新成立的公司以及他們的產品清單。但瓶裝公司仍然沒有被提及。1899年12月9日，托馬斯和懷特海兩個合夥人正式注冊成立了可口可樂瓶裝公司（Coca-Cola Bottling Company）。
可是還不到一年的時間，合夥公司就解散了。托馬斯和懷特海除了有共同的瓶裝軟飲料願望外，其他觀點幾乎完全不一樣。托馬斯希望用棕色的瓶子，懷特海則喜歡透明或者淺綠色的瓶子；托馬斯認為每瓶容量最好是8盎司，懷特海覺得每瓶6盎司多點就夠了。更加激烈的衝突開始於跟其他瓶裝商簽訂協議的時候：托馬斯認為應該簽兩年期的合同，如果對方公司內部真的出現問題的話，他就可以替換它；懷特海卻想要簽訂永久性的合同，這樣可以提升其他商家的忠誠度和熱情。最終，他們一致同意各自分一塊區域，獨立經營。為保證劃分的公平性，由懷特海負責把原有經營區域分成兩個，但由托馬斯首先挑選。托馬斯分得的地區包括人口稠密的東海岸和西海岸，還有查塔努加及其向周圍輻射50英裏的範圍，他將麵臨巨大的挑戰。剩下給懷特海的地區則是可口可樂的心髒地帶——南方及西部部分地區。