熙寧二年（公元1069年）二月初三，王安石升為右諫議大夫、參知政事。
近五個月以來，京城及河北等地災害不絕，先是黃河多處決口，接著河朔及東京一帶地震頻仍，連綿數月不止。安石正是在這個多事之秋進入了宰執階層。雖然這在某種程度上可以說是天子有意和眾望所歸的結果，但就像這個多災多難的時代一樣，安石從一開始就麵臨著衝突、鬥爭的考驗。
早在此前的去年年初，安石除喪後竟還是累召不起，就引起一些人的抨擊，說他態度不恭，對天子有所要挾。七月入居翰林後，圍繞一項關於“謀殺”的法律律令的具體界定，司馬光與安石意見相左，發生了第一次爭執。接著，參知政事唐介因不滿天子事事都視安石可否，憤懣難捺，數與安石當廷爭論。可唐介雖然號稱鯁直敢言，但固執強辯卻無法抵敵安石，加上天子的偏向，最後氣得背疽發作而死。即使不論政治分歧，天子如此袒護安石，注定了他今後的日子必然是眾謗交加的命運。
王安石入居副相二十四天後，神宗下詔在朝廷設置了一個新機關“製置三司條例司”，以陳升之、王安石領銜。這個機構名義上歸在三司之下，但因其職責是掌經畫邦計，議變舊法而通天下之利，實際上的地位卻是在三司甚至宰執之上。不用說，這是安石開始推行醞釀已久計劃的第一步。到職伊始，安石立即任命呂惠卿、蘇轍負責條例司的日常工作，其中呂惠卿尤為核心。
安石選擇呂惠卿作為變法的同盟者是必然的。惠卿字吉甫，也是南方人，嘉祐二年進士，曾為歐陽修、曾公亮所推重。及第後曾任真州推官，秩滿入都，遇到在京師群牧司任職的王安石，兩人討論經義，多有所合，遂訂為至交，至今也有十幾年的時間。安石在皇上麵前推薦惠卿，著重說他學先王之道而能致用，這與安石本人強調經世的觀點正相一致。在條例司事無大小，安石輒與他商量而定，也是基於這一點而來，並未考慮其他因素。司馬光不願意自己一貫推重的賢者王安石走向他的反麵，所以竭力攻擊呂惠卿險佞乖巧、蠱惑人心，還曾專門貽書安石，說此人日後必將出賣變節，勸他疏遠惠卿。但此時此刻安石不可能接受這樣的忠告。憑心而論，呂惠卿雖然為人有不少缺點，並在最後也確實背離了安石，但他為安石變法作出了重大貢獻是不容置疑的。就某種意義上說，是呂惠卿成了安石的替罪羊，幾乎為他承擔了道德上的所有攻擊。安石選擇惠卿是他個人的失誤，而並非是變法的失誤。