他們的軍隊，亦分為各等級。
蒙古軍。
探馬赤軍。以諸部族為之，乃鎭術邊境者。
漢軍。以中原漢人為之。
新附軍。南方宋人為之。
正相當於蒙古、色目、漢人、南人之四級。
兵籍秘密，漢人莫之知。
立裏甲之製，二十家為一甲，以蒙古人為甲主。衣服飲食惟所欲，童男少女惟所命。見徐大焯燼餘錄。
又多立防禁。禁漢人田獵，世祖紀，仁宗、英宗紀。成宗大德五年，有詔弛山澤之禁，聽民捕獵。禁漢人習武藝，英宗紀。禁漢人持兵器，世祖、武宗、仁宗、順帝歷代，各有禁令。按：遼、金亦禁民間兵器。禁集眾祠禱、元史一〇五刑法誌。集眾買賣，元典章亦有「禁聚眾」。禁夜行。元史一〇五刑法誌：「諸江南之地，每夜禁鐘以前點燈買賣，曉鐘之後，人家點燈讀書工作者並不禁。」元典章禁夜：「夜間禁通行。一更三點鐘聲絕，禁人行。五更三點鐘聲動，聽人行。」
又屢次收括民間馬匹。世祖至元二十三年，民間收馬總計十萬二千匹。至元二十七年，九千一百匹。至元三十年，十一萬八千五百匹。成宗大德二年，十一萬餘匹。武宗至大三年，四萬餘匹。仁宗延祐四年，二十五萬五千匹。延祐七年，二萬五千匹。天順帝天曆元年，十一萬餘匹。數十年間，括民間馬七十餘萬匹。
而文武分途之弊製，遂為明淸兩代所沿襲。
漢世良家子得以材力入官，或隸期門、羽林，或為三署郞，而軍功大者為卿大夫，小亦為郞。後漢將帥罷兵，大抵內為列卿，外為郡守。魏晉將軍之官，多選淸望之士居之。如裴頠、以國子祭酒為右軍將軍。王恬以中書郞為後將軍。等例是也。以至州鎭方伯，無不兼將軍、都督之稱。其為州而無將軍者，謂之單車刺史。當時文武選授，尚不拘資格，迄南北朝皆然。至唐吏部、兵部分為二選，文武始各有定闕。然諸州兵政掌之刺史，悉帶使持節，並無專閫武員。吏職、兵官，未嘗判然區別。宋太祖患五季藩鎭跋扈，命文臣出守列郡，而別置鈐轄都監以司軍旅屯戍之政令，遂分職而治。然當時內外官仍文武參用，願換授者亦許改職。自元世祖至元十五年定軍民異屬之製，以萬戶府、鎭撫司領戍兵，以知府、縣尹領民事。明因其製，於是州縣、營衛，建置攸殊；出身旣截然不同，銓注亦有一定之格；自督撫大吏外，武官除授，乃無一不於歸兵部。今按：元之軍民異屬，本自有其用意。吳萊淵穎集書急就章後謂：「國家起自北土，經理中原。中原豪傑，保有鄉裏，因而降附，使據其境土如古諸侯。大開幕府，辟置官屬，錢穀獄訟，一皆專製，而不復關乎上。已而山東猘子，地富兵強，跳踉負固，卒貽誅滅。而後天下郡縣一命之官，悉歸吏部。兵則自近戍遠，尺籍伍符各有統帥。但知坐食郡縣租稅，不復繫守令事矣。」此蓋元人私武力以便宰製之用心。明襲元弊，不能大事蕩滌者多矣。至淸則同為盜憎主人。自樂於循用矣。