上述諸家都在北宋，南宋朱子出，才始集諸家之大成。朱子思想極闊大，又極細密。他想把濂溪、康節、橫渠、二程種種異見都包容和會，再上通諸孔孟先秦儒，兼及道、釋，而組織成一大係統。但朱子思想，主要還是沿襲二程，更是沿襲伊川的多。最顯著的莫如他的《大學格物補傳》。
《大學》是程門新經典，朱子《大學章句》開始說：
子程子曰：《大學》，孔氏之遺書，而初學入德之門也。於今可見古人為學次第者，獨賴此篇之存，而《論》、《孟》次之。學者必由是而學焉，則庶乎其不差矣。
《大學》既如是重要，而程、朱相傳，皆認《大學》古本有錯簡，有脫文。最要者，在八條目開始第一步工夫，即所謂“致知在格物”者，亦有脫文，於是朱子自謂竊取程子之意以補之。曰：
所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。惟於理有未窮，故其知有不盡也。孟子謂窮理盡性，此則變成窮理盡知。是以《大學》始教，必使學者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益窮之，以求至乎其極。至於用力之久而一旦豁然貫通焉，則眾物之表裏精粗無不到，而吾心之全體大用無不明矣。此謂格物，此謂知之至也。
此即所謂《格物補傳》。這裏麵最重要的意見，還是一種心，理兩分說。此所謂理，是兼包事物之理而言。若謂物理、吾心是二非一，此尚可說。謂事理、吾心判然劃分，則義難圓成。然朱子持此見解，也自有他思想上的背景。《玉山講義》也如《格物補傳》，可以代表朱子晚年意見。《講義》裏說：
天之生物，各付一性。性非有物，隻是一個道理之在我者耳。故性之所以為體，隻是仁、義、禮、智、信五字。天下道理不出於此。物理如何亦用仁、義、禮、智、信五字包括，此是一大漏洞。朱子在此處，未能有詳細發揮。後世之言性者，外雜佛、老，所以將性字作知覺心意看了，非聖賢所說性字本指。