德川幕府末期社會的主要矛盾是農民和封建領主階級的矛盾，這個矛盾的社會基礎是商品經濟發展和封建領主土地所有製間的矛盾。封建的幕藩領主土地所有製不僅嚴重地阻礙商品生產的發展，也阻礙農民和寄生地主獲得土地的機會；另一方麵商品貨幣經濟日益瓦解著以自然經濟為基礎的農奴製度，促使幕藩統治階級加緊封建剝削，逼得農民無法活下去。在歐美資本主義列強的侵略下，幕府進一步暴露出它的腐朽和反動麵目，民族矛盾使日本社會各階級間本來的矛盾更加緊張而複雜化起來。
首先，廣大農民及城市貧民反對封建剝削壓迫的鬥爭規模愈大，帶有全民族的性格。這是德川封建體製下根本的階級矛盾。農奴長期受超經濟剝削，周期性饑饉疫癘迫使他們出賣田地妻女，墮胎殺嬰乃至逃亡。幕末農政學者佐藤信淵曾指出農民破產離村，造成土地荒廢，人口減少的現象。[34]開港後，農民生活更惡化，起義次數激增，萬延、文久（1860—1863）4年間發生34件，元治、慶應（1864—1867）4年間激增到59件，[35]性質也從總百姓起義演變為改革世間起義，[36]這是以貧農為基礎的反抗幕藩領主製、地主製、商業高利貸資本等剝削階級的鬥爭。除了反封建外，還具有建立民主社會的目標。他們已不再上訴，而采取直接行動，搗毀地主豪農、豪商宅院，奪回抵押品，要求減免租役、自由販賣農產品，主張平分土地財產，平等選舉村吏。為了實現他們要求的目的，農民燒毀“檢地賬”（征收地租的賬冊），這是否定領主土地所有權的土地革命的表現。[37]鬥爭帶著日本古來人民起義所具有的民主傳統，如罷免村吏，驅逐代官，實行自治。城市貧民的搗毀運動，大部分是反對幕藩領主商人囤積糧食，投機漲價，加緊掠奪的搶米暴動。也有反對外侵的起義，如1861年對馬島農民、漁民武裝抗擊帝俄軍艦侵略的同時，堅決反對企圖妥協的藩主和幕府官吏，最後迫使俄艦接受英艦隊要求而撤退。[38]