1905年朝鮮政府被迫簽訂賣國的《乙巳保護條約》後，朝鮮人民立即展開了全民性的反抗鬥爭。城市的工人罷工，學生罷課，商人罷市，在善山、安東、泰仁、南海等地紛紛發生農民暴動，一部分封建官吏也棄職抗議賣國條約，提出“廢除保護條約”“驅逐倭敵”“恢複國權”“處分賣國賊”等口號。
反日義兵鬥爭重新活躍起來，閔宗植在忠清道鴻山組織義兵，向各地活動。1906年6月占領舒川、洪州等城，一再打退圍攻洪州的日軍。
在全羅道，崔益鉉、林炳讚於1905年組織義兵，1906年6月占領淳昌和譚陽兩城，以後繼續占領了泰仁、穀城，擴大了義兵的勢力。
1895年領導義兵的李麟榮、李康年等也在江原道再次組織義兵進行武裝鬥爭。
平民出身的申乭石（石或作錫）領導的義兵在慶尚道的平海、寧海、青鬆、義城、英陽等地廣泛開展遊擊鬥爭。這支隊伍勇敢善戰，甚至進軍到北部的蔚珍、三陟，采取神出鬼沒的戰術，包圍和消滅敵人。
和前期一樣，義兵不僅反對日本侵略者，並且與各地的貪官汙吏作無情的鬥爭。1906年上半年義兵活動的主要地區是京畿、忠清、全羅、慶尚、江原等5道40餘郡，到同年10月至1907年6月，擴大到黃海道，達到6道58個郡。這時領導義兵的已不僅是儒生，還有平民出身的人，義兵運動的人民性、持久性也比以前加強了。
1907年6月朝鮮國王李熙（高宗）秘密派遣使節三人到荷蘭出席海牙第二次國際和平會議，企圖否認《乙巳保護條約》，要求各國援助，結果失敗。這一事件對日本自然是一個並吞朝鮮的最好借口，伊藤博文當即表示要對朝鮮宣戰，同時嗾使李完用賣國內閣威逼李熙退位。李熙堅決反對，日本政府派外務大臣林董到朝鮮施加壓力，朝奸李完用、宋秉畯等再加威嚇，李熙終於7月18日被迫讓位給太子李拓。消息傳出後，京城廣大人民極度憤慨，立即實行罷市、示威，群眾高呼“殺死內閣賣國賊！”“肅清日本帝國主義！”“搗毀一進會的機關報國民新聞社”。愛國者激昂慷慨地在街頭演說，號召群眾參加鬥爭。19日李熙讓位的詔書發表，全城秩序更亂，遊行隊伍襲擊西門外日本警察所，與日警血戰。一部分朝鮮軍隊（侍衛隊）衝出兵營和日軍開火，當晚王城附近的侍衛隊進入官內，準備在20日舉行讓位式時，將各賣國大臣全部殺盡，因計劃暴露被鎮壓。但當天群眾襲擊賣國賊李完用的住宅，並將它燒毀。暴動迅速蔓延各地，龍山、公州、晉州、安城、大邱、釜山等城市都發生了反日運動，僅京城一地的鬥爭，就堅持了7天。李完用勾結日軍，進行瘋狂的鎮壓，日軍占領了各地的火藥庫，衝入朝鮮兵營搜繳彈藥，企圖製止軍隊的暴動。