日本在1907年8月解散朝鮮地方各道的鎮衛隊時，就派軍隊到京畿、江原、忠清三道，10月間除加強13道警察機構外，更由國內運來重兵在各道要地設置守備隊進行“討伐”義兵。日本帝國主義者“討伐”的殘忍毒辣是中國人民所熟悉的，他們的目標不僅對準義兵，而且對居民集中的地點進行有計劃的“掃**”，瘋狂屠殺人民，強奸婦女，放火燒毀整村的房屋，搶走糧食。在日軍的“三光政策”下，朝鮮人民遭受了史無前例的浩劫。據官方縮小了的材料，1908年一年中被屠殺的愛國者就有11 562名，僅忠清北道一道1907年8月到12月末5個月間被燒毀的房屋即達1078戶，鄉校45所。江原道洪川郡7個“麵”（相當我國的區）被燒房屋352戶。從當時的《皇城新聞》透露出來的消息，可以看到凡是日軍“掃**”過的地方，“無辜人民悉喪失家園，流浪無告，產業歸於灰燼……秋收無望，寒期日迫，居處無著，婦孺啼饑號寒，不勝淒涼”。以後長期鬥爭的年代裏，日寇對朝鮮人民的掠奪、屠殺、**、淩辱，更無法統計了。[218]
日本的燒殺政策絲毫不能消滅朝鮮軍民的鬥誌，相反的，增加了人民更深的仇恨，義兵運動愈來愈帶上群眾性，使日寇剿不勝剿。如全羅南道鹿島256個居民留下老婦一人，全部參加了義兵部隊。黃海道方麵，襲擊文化郡的義兵80多人，在戰鬥中又有礦工和鐵路運輸工人參加進來，匯合到200多人襲擊了信川郡。廣大人民熱烈支持義兵，供應物資和人力的事例更多。[219]
在鬥爭中，日寇完全陷於孤立，人數少時甚至不敢走出鐵路沿線以外。日本侵略者唯一的辦法是：實行朝鮮人打朝鮮人的政策。1908年6月就招募4065名朝鮮人當日本憲兵補助員，同時收買和利用朝奸，打入義兵內部進行破壞。在日寇指使下，一進會會員在各地強迫人民組織“自衛團”，斷絕人民與義兵的聯係，用“拒絕加入的就是和義兵一黨”的恐嚇來威脅居民參加自衛團。朝奸替日軍作間諜和翻譯，到處進行迫害和掠奪人民，朝鮮人民用更廣泛而頑強的遊擊戰爭回答了敵人。