全國**通的發達，對商品經濟的發展和民族市場的形成有重大作用。早在德川初期，為實行“參覲交代”，修建了以江戶為中心，通向各地的5條幹道。其中以太平洋沿岸的東海道（江戶—京都）為最重要。此外，有中山道（江戶—滋賀的草津，與東海道會合）、日光大道（江戶—日光）、奧州大道（江戶—福島的白河）和甲州大道（江戶—長野的下諏訪），通稱“五街道”（大道），以東海道53“次”（宿驛）為始，沿大道設置驛站，各站有特許旅館（“本陣”）。民間也開設客棧（旅籠）、小客店（“木賃屋”，旅客帶米自炊的小旅館）。幕府並從沿大道各村鎮征用人馬到驛站，供官府運輸，作為一種課役製（助鄉役）。[146]以江戶為中心，大道各要地設關卡（“關所”）構成環形警備圈。各藩也在藩境設關，防止物產外流。5條大道雖主要為“參覲交代”和幕府對全國的政治、軍事統治服務，對民用加以限製，但它的修築，尤其是與之相連接的支路（幕藩為通向5條大道修築的大道，日本稱“脅往還”，如水戶路、北陸路、中國路等）
的整頓，都有利於打破自然經濟造成的隔絕狀態，促進全國性的經濟往來。政治中心的江戶和生產較後進的關東地區日用品都依靠關西經濟中心大阪供應。承擔商品運輸的主要是海上運輸。其中以大阪至江戶的南海路最發達，有稱作“菱垣駁船”（以船上安裝菱形籬笆得名，每船載二三百噸）和“樽（酒桶）駁船”（以主要運酒得名，載重同前）的兩大航運業，他們組織了行會，互相競爭。[147]17世紀末以後，有北海道及東北地方到大阪和大阪到長崎的西海路、下關到鬆前的北海路、奧州到江戶的東海路等先後興起，形成以江戶、大阪為中心的沿海交通線。