詹納時代圍繞天花疫苗展開的倫理之爭已經遠去，但並未消失。有些宗教依然拒絕疫苗接種，但現在還湧現出其他重大問題。
其中之一為“衛生假說”，該理論被用於解釋為何最近西方各國的自身免疫病和過敏性疾病病例增加。這兩類疾病均由免疫應答失衡引起。衛生假說將其歸咎於疫苗接種導致兒童缺乏感染，以及現代世界衛生標準過高和抗生素濫用。這些因素均會減少兒童時期的抗原刺激，使兒童的免疫係統容易受到異常應答的影響。該領域的研究正在進行中，但截至本文撰寫之時，該假說尚未提出具體的證據。
無論多安全的疫苗，也無法杜絕所有潛在的副作用。隨著疫苗在預防傳染病的過程中一路高歌猛進，相關死亡率也會繼續下降，最終，疫苗本身的副作用可能會超過其預防的疾病。盡管每100萬例天花疫苗接種者僅有1～2名死亡，風險極低，但隨著天花根除計劃的實施，在病毒被逐出地球後，接種者的死亡風險必然會大過未接種者。盡管如此，在確保病毒被根除前，繼續接種疫苗的工作依然非常重要。全球目前還在推進麻疹根除計劃，而且發達國家也罕有麻疹感染。有些人可能會認為不接種疫苗更安全，因為每使用100萬份疫苗就會出現1例與疫苗相關的腦炎。但若質疑疫苗的人數增多，使疫苗接種覆蓋率低於80%的臨界水平，則麻疹疫情將卷土重來，並且不可避免地造成死亡。
1998年，醫學雜誌《柳葉刀》刊載的一份報告認為接種麻疹疫苗會導致兒童孤獨症，而後英國就發生了這種情況。當該信息引起公眾關注後，麻疹疫苗接種人數隨之下降。盡管有人駁斥了這一觀點，並且這種關聯性並未得到證明，但直到12年後，撰寫該報告的資深作者才被認定犯有不誠實和藐視道德規範的罪行，並將其從英國醫師注冊名錄中除名。麻疹病毒在此期間不但恢複了元氣，還多次引起流行，造成疾病和死亡。