他可能沒有想到之後的殘酷報複，但他的國王、他那膽小的哈布斯堡王後以及王室的英國顧問們則不同。他們要求有人為與法國合作付出代價，王室回到那不勒斯後，公審就開始了。結果120名雅各賓派被絞死，1100多人被監禁。
現在，整個意大利都在反抗法國及其被保護者。當反法聯盟開始調集軍隊時，法國入侵者試圖控製整個半島。在此前的戰爭中，皮埃蒙特已經被法國或法國控製的土地包圍，並於1797年10月被迫同法國簽訂同盟條約。次年6月，法軍進駐都靈的內城要塞，並在那裏慫恿當地支持者從事反對這個君主國的活動。在阿爾卑斯山南共和國的修道院被解散後，法國人要求出售它們在皮埃蒙特的地產，於是事情演變成了危機。國王查理·埃曼紐爾四世拒絕這一要求，除非他能收回都靈的內城要塞。法國人的回答是要求更多的軍事方便。當國王堅持立場時，法軍便占領了整個國家(1798年12月)，並迫使國王遜位。他規勸自己的臣民服從法國人，然後前往島國撒丁，因為這個地方仍屬於他。皮埃蒙特的愛國黨人歡欣鼓舞，但為時不長。1798年2月，一次精心操縱的全民公決同意法國兼並皮埃蒙特。對於南方的托斯卡納，當時他們還沒有考慮使用這種解決方法。但是，隨著戰事在春天重新開始，法國人覺得他們必須占領這個地區並攫取其尚未動用的資源。1799年3月，法軍開進托斯卡納，大公費迪南德匆忙逃往維也納投靠自己的兄弟。然而，法國人剛剛控製該地就麵臨挑戰：外部有奧地利-俄國軍隊的進攻，內部有當地民眾的反抗。
反法起義席卷整個半島，尤其是在法軍過於分散的兵力集中收縮到北部時。總的說來，在這動**不安的十年中，這些起義很可能是對法國大革命及其原則的最重要、最引人注目的批判和否定。對於作為起義主力軍的意大利農民而言，法國人意味著軍事掠奪、搶劫以及沉重的課稅。一個十分常見的情況是，雖然法國人在譴責封建主義時口若懸河，但他們還會繼續征收地主的各種捐稅，因為這是很方便的收入來源。更糟糕的是，法國人還褻瀆宗教，因為他們搶劫教堂、蔑視宗教習俗和信仰。波拿巴曾意識到這些做法可能帶來的危險，而且像他這樣的將軍不止一個。對於為數眾多的高級教士和願意與他們建立有效關係的教士，他們殷切地尋求這些人的支持，並且分發宣揚自由、平等以及和基督教完全相容的布道的傳單。但是他們無法控製士兵的日常行為，後者從自己在國內外數年的曆練中得知，教士是大革命最頑固、最善於潛伏的敵人，士兵時而出現的瀆神冒犯行徑就是這種意識的表露。最後，法國人還代表著雅各賓派的統治。在農民眼裏，這些富有的念過書的城裏人更關心的是為自己攬權，通常還顯擺一下無端而過火的反宗教情緒，他們並不關心鄉下人認為重要的問題。農民知道，這些人掌權要歸因於法國人，他們為了保持權力而對侵略者俯首帖耳，並且會利用權力來發財，如剝奪教會與獨占收益。法國人通常把意大利的農村叛亂比作旺代，或稱呼叛亂者為朱安黨人。宗教和物質利益方麵的雙重怨憤，鄉村與城市的對抗，使得意大利的起義者與法國國內的那種反革命典型確實有很多相同之處。