清教徒表現出越來越願意在教會內工作的意願。他們對詹姆士一世的即位的反應，即“千人請願書”(The Millenary Petition)，隻是要求在現有框架內提出修改。在1604年的“漢普頓宮會議”上，詹姆士主持了由主教和清教徒參加的會議，討論完全是關於如何使國教更有效地傳播福音。清教徒渴望擁有一個虔誠的國王，像1200年前的君士坦丁大帝一樣，為他的國家帶來良好的秩序，並促進和保護真正的宗教。他們要求做更多的事情，而不是做更少的事。他們希望在教會內工作，而不是反對教會。即使是占全國人口5%的天主教徒，也屈服於由英格蘭國教徒領導的精神攻擊。該世紀頭25年爭論最激烈的問題，是關於天主教徒是否應該宣誓效忠，並回避教皇要求他們做出的政治效忠。爭論的結果是，英格蘭國教徒的觀點獲勝，雖然天主教徒仍堅持自己的信仰，但是他們放棄了政治抵抗。火藥陰謀事件(the Gunpowder Plot)是最後一個真正的天主教陰謀。隨著英格蘭天主教越來越不受武裝神職人員的控製，而是受謹慎的貴族和紳士的控製，天主教變得越來越主張和平，在政治上也越來越被認可。
在長期議會召開之前，新教保持團結，如果不算一致的話。清教徒更多地參與到教會的活動中，而選擇退出教會並違背教會而建立宗教場所或集會的人極少。數百人，也許數千人選擇遷往北美新英格蘭，而不是服從大主教勞德要求的英格蘭國教的狹隘教義。但是沒有出現分裂現象。
內戰和政權空白時期，不僅英格蘭國教出現了瓦解，英格蘭的清教也出現了瓦解。英格蘭教會的基本結構(主教、教堂法庭)被廢除或被禁止(如《公禱書》、聖誕節或複活節的慶祝)。天主教堂變成了布道中心，或被世俗化(用作營房、監獄或商場)。在成千上萬的教區裏，盡管舊的儀式和慶典被禁止，但仍在延續。但教會領導人失去了他們的勇氣。主教逃離、躲藏起來或保持沉默，他們去世後也沒有人代替他們。到1660年，幸存的主教年齡都在70歲以上，英格蘭國教的主教成了瀕危物種。