日本人重視教育倒是不假，但教育什麽內容卻是問題，近代灌輸忠君愛國思想，雖然對趕超歐美所需的服從、紀律、貢獻、犧牲等意識的形成起到推動作用，但很容易盲目地隨從並走向自我毀滅之路。
在教育問題上，一開始明治政府模仿浪漫的法蘭西人，既搞學區製度，也崇尚個人立身治產的實用主義，甚至提出“邑無不學之戶，家無不學之人”的有教無類原則。根據1872年頒布的《學製》，全日本分為八大學區，每個學區設1個大學、32個中學區；另外，一個中學區設210個小學區。通算下來，總共有8個大學、256個中學、53760個小學。作為義務教育製，從受益者負擔的理論出發，學校建設費、維持運營費均由地方負擔，也向受教育者征收學費。
上述計劃並不適合日本的現實狀況。首先從人口上看，平均每600名日本人就有一個小學。盡管早在江戶時代就有藩校、私塾、寺子屋等傳統學校，而且地方也熱衷辦學，例如利用寺院開設小學、富裕者出資興建學校、學費減半等，但入學率仍然不高。在1升米隻有7錢的年代，每月學費高達50錢，普通人家實在承擔不起。當時小學分為上等小學、下等小學，各4年共8級，半年升1級，如果不能升級就退學，堅持到底者很少。例如伊丹小學下等小學入學時有291人，畢業時隻有9人，同齡兒童中的畢業率為1.1%。1873年，全日本共有12597個小學，男生共有880335人，入學率為39.9%；女生共有302633人，入學率為15.14%，平均入學率不到30%。
1879年，政府頒布修改《學製》的《教育令》，受“自由民權運動”的影響，新法參考美國的學校製度，地方政府根據自己的實際情況實施教育，小學最低就學年限規定為一年零六個月。但第二年政府以入學率低下為由修改《教育令》，學科中以“修身”課為第一，強化地方長官的教育行政權限，最低就學年限為3年。實際上，這一修改的背景是自由民權運動不斷高漲，政府感到威脅，希望在學校教育中鏟除運動的思想基礎，這也是從自由主義教育向國家主義教育轉化的第一步。