《慕尼黑》讓觀眾直麵艱難但不至於棘手的道德議題。斯皮爾伯格珍視自己的商業成功並小心翼翼保持獨立性，就是為了製作這樣的電影。他完全能夠預料到這部影片將會引發風暴般的敵意。該項目由製片人巴裏·門德爾開發，凱瑟琳·肯尼迪向斯皮爾伯格提出拍攝計劃，但多次被他拒絕。他說：“我會把這個項目留給別人，留給那些比我更勇敢的人。”但斯皮爾伯格已經可以就自己關心的議題發表意見，並在合適的時候深入探討有爭議的話題。他不怕失去觀眾的喜愛，願意接受批判性的認可，這是他最令人欽佩的品質。
“如果我為了追求受歡迎而保持沉默，我將無法麵對自己。”他總結說，“我現在這個年紀，如果不去冒險，就將喪失自尊。更何況，這對我來說是一項重大挑戰……不知怎麽回事，我隻是覺得這個故事裏到處都是自己的影子，我無法否認這一點。這激發了我內心的疑問和掙紮。”“史蒂文知道自己在冒險。”劇組成員夏蘭·海因茲評論道，“他一定很清楚這部影片將帶給他的負麵影響。這正是他的勇敢之處，因為他根本無須冒這個險。”盡管《慕尼黑》(2005)並沒有達到《辛德勒的名單》那樣的藝術高度，卻在政治驚悚片的框架下妥善地處理了恐怖主義和複仇主題，並尊重了主題的道德複雜性。
斯皮爾伯格還記得和父親在電視上看到1972年慕尼黑奧運會期間，巴勒斯坦恐怖分子屠殺以色列運動員相關報道時的恐懼。《慕尼黑》中僅僅用電視片段和零碎的娛樂節目描繪了那起事件，而亞瑟·科恩和凱文·麥克唐納1999年獲得奧斯卡獎的紀錄片《9月的某一天》則對該事件進行了全麵的敘述。在大屠殺發生時，斯皮爾伯格甚至從未聽說過“恐怖主義”，隻是對“猶太人再次在德國土地上被殺害”感到憤怒和失望。隨著時間的推移，對世界政治的興趣和對猶太人事業的參與，使他成為以色列的熱情支持者。從20世紀90年代起，他參與了《辛德勒名單》和大屠殺幸存者視覺曆史基金會，這讓他經常需要對中東政治問題發表公開評論。自由主義立場使他對以色列在巴勒斯坦獨立問題上采取的強硬路線保持懷疑。具有諷刺意味的是，《慕尼黑》反而使斯皮爾伯格被一些作家譴責為以色列的敵人，而實際上拍攝這部電影正是基於他對以色列的深切情感。“如果有必要，”他對德國雜誌《明鏡》說，“我已經準備好為美國和以色列而犧牲。”《慕尼黑》使他得以探討自己對以色列在中東問題上所扮演麻煩角色的矛盾心理和擔憂，以及一個國家應該如何回應恐怖襲擊的議題。