皇權的一個輪子是軍隊。
朱元璋在攻克集慶以後，就厲行屯田政策，廣積糧食，供給軍需。他和劉基研究古代的兵製，征兵製的好處是全國皆兵，有事召集，事定歸農，兵員素質好，來路清楚，政府在平時無養兵之費。壞處是兵員都出自農村，如有長期戰爭，便影響到農村的生產。而且兵源有限製，不適合於大規模的作戰。募兵製呢？好處是應募的多為無業遊民，當兵是職業，數量和服役的時間，都可以不受農業生產的限製。壞處是政府經常要維持大量數目的常備軍，軍費負擔太重。而且募的兵來路不明，沒有宗族鄉黨的掛累，容易逃亡，也容易叛變。理想的辦法是折中於兩者之間，有兩者的好處，而避免個別的壞處，主要的原則，是要使戰鬥力量和生產力量一致。
劉基創立的辦法是衛所製度。(1)
衛所的兵源有四種，一種是從征，即起事時所統的部隊，也就是郭子興的基本隊伍。一種是歸附，包括削平群雄所得的部隊和元朝的投降軍。一種是謫發，指因犯罪被謫發充軍的，也叫作恩軍。一種叫垛集，即征兵，照人口比例，一家有五丁或三丁出一丁為軍。前兩種是定製時原有的武力，後兩者則是補充的武力。這四種來源的軍人都是世襲的，為了保障固定員額的維持，規定軍人必須娶妻，世代繼承下去，如無子孫繼承，則由其原籍家屬壯丁頂補，種族綿延的原則，被應用到武裝部隊裏來，兵營成為武裝的家庭群了。(2)
軍有特殊的社會身份，單獨有軍籍。在明代戶口中，軍籍和民籍、匠籍平行，軍籍屬於都督府，民籍屬於戶部，匠籍屬於工部。軍不受普通行政官吏的管轄，在身份上、法律上和經濟上的地位，都和民不同，軍和民是截然地分開的。民戶有一丁被垛為軍，政府優免他原籍老家一丁差徭，作為優恤。軍士到戍所時，由宗族替他治裝。在衛的軍士除本身為正軍外，其子弟稱為餘丁或軍餘，將校的子弟則稱為舍人。日常生活概由政府就屯糧支給，按月發米，稱為月糧，馬軍月支米二石，步軍總旗一石五鬥，小旗一石二鬥，步軍一石（守城的照數支給，屯田的半支）。恩軍家四口以上一石，三口以下六鬥，無家口的四鬥。衣服歲給冬衣棉布棉花夏衣夏布，在出征時則例給胖襖鞋褲。(3)