衛所軍士之不斷地逃亡，使統治階級感覺恐慌，努力想法挽救。把追捕逃軍的法令訂而又訂，規定得非常嚴密。《明史》卷九二《兵誌》四記：
大都督府言：起吳元年十月至洪武三年十一月，軍士逃亡者四萬七千九百餘。於是下追捕之令，立法懲戒。小旗逃所隸三人降為軍，上至總旗百戶千戶皆視逃軍多寡，奪俸降革。其從征在外者罰尤嚴。
把逃軍的責任交給衛所官旗，讓他們為自己的利益約束軍士，這辦法顯然毫無效果，因為在十年後又頒發了同樣性質的法令：
洪武十三年（1380）五月庚戌，上諭都督府臣曰：近各衛士卒率多逋逃者，皆由統之者不能撫恤。宜量定千百戶罰格。凡一千戶所逃至百人者千戶月減俸一石，逃至二百人減二石。一百戶所逃及十人者月減俸一石，二十人者減二石，若所管軍戶不如數，及有病亡事故殘疾事，不在此限。（《明太祖實錄》卷一三一）
洪武十六年（1383）又命五軍都督府檄外衛所，速逮缺伍士卒，名為勾軍。特派給事中潘庸等分行清理，名為清軍。洪武二十一年（1388）以勾軍發生流弊，命衛所及郡縣編造軍籍：
九月庚戌，上以內外衛所軍伍有缺，遣人追取戶丁，往往鬻法，且又**於民。乃詔自今衛所以亡故軍士姓名鄉貫編成圖籍送兵部，然後照籍移文取之，毋擅遣人，違者坐罪。尋又詔天下郡縣，以軍戶類造為冊，具載其丁口之數，如遇取丁補伍，有司按籍遣之，無丁者止。（同上書卷一九三）
軍籍有三份，一份是清勾冊（衛所的軍士逃亡及死亡冊），一份是郡縣的軍戶原籍家屬戶口冊，一份是收軍冊。衛所的軍額是一定的，衛軍規定必須有妻，不許獨身不婚。(38)父死子繼。如有逃亡缺伍或死絕，必須設法補足。補額的方法是到原籍追捕本身或其親屬。同年又置軍籍勘合：