從永樂遷都北京以後，每年須用船運東南米數百萬石北來，漕運遂為明代要政。運糧多由各地衛軍負責。宣宗即位後，始定南北衛軍分工之製，南軍轉運，北軍備邊。(44)特設漕運總兵，用衛軍十二萬人（《明史》卷一五三《陳暄傳》）。東南軍力由之大困。弘治元年（1488）都禦史馬文升疏論運軍之苦說：
各直省運船，皆工部給價，令有司監造。近者漕運總兵以價不時給，請領價自造，而部臣以軍士不加愛護，議令本部出料四分，軍衛任三分，舊船抵三分。軍衛無從措辦，皆軍士賣資產，鬻男女以供之，此造船之苦也。正軍逃亡數多，而額數不減，俱以餘丁充之，一戶有三四人應役者，春兌秋歸，艱辛萬狀，船至張家灣，又雇車盤撥，多稱貸以濟用，此往來之苦也。其所稱貸，運官因以侵漁，責償倍息，而軍士或自載土產以易薪米，又格於禁例，多被掠奪。（《明史》卷七九《食貨誌三·漕運》）
江南軍士“多因漕運破家”，江北軍士則“多以京操失業”(45)。南北衛軍因之都廢弛不可用。
明代用全力防守北邊，備蒙古入侵。腹地軍力極弱，且經積弛之後，一有事故，便手足無措。隆慶時靳學顏疏言：
夫陷陣摧堅，旗鼓相當，兵之實也。今邊兵有戰時，若腹兵則終世不一當敵，每盜賊竊發，非陰陽醫藥雜職，則丞貳判簿為之將，非鄉民裏保，則義勇快壯為之兵，在北則借鹽丁礦徒，在南則借狼土，此皆腹兵不足用之明驗也。（《明史》卷二一四《靳學顏傳》）
所說的雖然是後期情形，其實在前期即已如此。正統時鄧茂七起義，將帥尪怯退避，反由文吏指揮民兵作戰。(46)天順初年兩廣“盜”起，將吏率縮朒觀望，怯不敢戰。(47)至正德時劉寵、劉辰起義，腹地衛軍已全不能用：