定神道為國教
幕府末年，神道學者，倡祭政一致之說。及將軍歸政，遂定神道為國教，設神祗科；複嚴佛寺神社之分，寺內不得安奉佛像，僧人不得管理神社。政府將借政權，擴充神道，任命管理寺社者，兼教導之職，歲支國帑為俸金；其職等於官吏。神官更借演劇以傳播其教；於各重要之地，設有神社。其社中之神，可分四級。（一）天皇。其數十餘。凡得入社者或曾勝強敵；或經大改革，民受其利；或於大亂之後，嚐能維持治安。（二）親王大臣。因其人忠心事君；或嚐平亂有功。（三）忠心事君之臣民。蓋嚐不辭生死，亟赴王難，以救天皇者。（四）自然界之神。天地日月之類，日人以為其先祖也。神社祈禱之禮儀，政府訂之。
小學生必須致敬神社
憲法雖許人民信教自由，而小學學生必須致敬於神社，果得謂之自由歟？其政府答辯，固謂神道非宗教也，豈其然乎？
佛教之改革
維新之初，政府將禁佛教。藩侯之逢迎者，輒沒收佛像，火而焚之。一時僧人大恐，人民驚懼，幾起大變。政府乃謀鎮撫，通諭各屬，謂朝廷之意，非欲如此嚴辦。然猶令皇室親王，公卿子弟之出家者，蓄發還俗，又迫僧人，不得出入官衙，以困辱之。惟公卿之不欲廢佛教者，謂其尊重國教，於祭政一致，未嚐背謬，因許其高談教義。其先謀改革，能自振拔者，則本願寺也。寺自維新之際，即自厘革寺務，首創普通學校，傳教於上海等地。此外各宗，亦能嚴守戒律。其高僧更研究學問，以闡發妙義；或遊曆歐美，以資知識；且援西方之無神論，以攻擊耶教；刊行佛書雜誌，以為宣傳。其能如是進步者，蓋受外界之激刺而能奮興也。
耶教之盛衰
耶教自弛禁後，勢力浸盛。傳教師至者，輒創設學校，教授英語；對於學生，諄諄然勸其信教。時值維新初年，攘夷鎖國之說，不複能存在，西方思想之輸入，若決江河莫之能禦。又以傳教師富於普通學術，熱心宣傳，教會學生卒業後服務於社會者，率負有盛名。人民因目耶教為文明宗教，傾心歡迎。於是教徒驟增，十字架見於街市村野者，觸目皆是。及一八八五年，日本學者之思想，轉趨舊學，反抗歐化之勢漸盛。佛教徒又複忌嫉耶教，即借歐人所盛倡之“進化論”以破耶教“創世紀”之說。二教爭論，紛詉不已。然其後日人亟謀改約，傳教師為之歸國運動者甚多；雖無功效，其熱誠固不當忘也。