慈禧發動政變以後，將光緒帝囚禁在西苑的瀛台，它四麵環水，實為一小島，唯一通向陸地的通道是北部的木橋。光緒被軟禁後，服侍光緒的太監，均由李蓮英親自挑選，對光緒帝名為服侍實為“管教”。據說某年冬天，南海水麵已經結冰，一日光緒帝微服出行，孰知剛走不遠，便被守門人發現，即被“跪阻”。慈禧太後得知此消息後，居然命人將冰鑿開，以防其逃走。這似乎還不足以泄憤，在政變後的幾天裏，慈禧又陸續把過去侍奉光緒帝的太監全部發落，對珍妃更是痛下狠手，將她囚禁在冷宮中，就是今日珍妃井西邊的山門裏。
雖然慈禧已經將光緒帝變為囚徒，但她依然心存隱憂。畢竟自己垂垂老矣，而光緒帝隻是幾近而立，一旦自己百年，光緒帝就可以名副其實地成為大清皇帝。因此，她有了廢掉光緒帝的計劃。
首先，折殺光緒帝在大臣麵前的威嚴。慈禧指揮鎮壓了變法運動以後，多次組織大臣圍攻、訓斥光緒帝，為光緒帝羅織罪名。在蘇繼祖《清廷戊戌朝變記》中較為詳細地記載了政變當天光緒帝被圍攻和慘遭訓斥的場麵。
其次，大肆製造皇帝患病的聲勢。這讓朝野上下極為震動，光緒帝四月份還在雷厲風行地主持變法，此間未曾聽說身體不適，緣何慈禧在鎮壓變法的同時突然昭示天下：皇上已患有重病，連太醫都不可醫治。
第三，選擇宗室近支之子立為大阿哥，為同治帝立嗣。要廢黜在位的皇帝，就必然要確立一位新皇帝。
光緒帝患“重病”以及立溥儀為大阿哥的消息傳出後，朝野上下議論紛紛，慈禧企圖廢帝的陰謀也隨之被人看穿。但兩種勢力的反對，使慈禧陷入被動的泥沼，也迫使慈禧終止廢掉光緒的計劃。
首先，國內工商界人士聯名致電慈禧反對罷黜光緒。