山海關戰役後，吳三桂從李自成手中奪回陳圓圓。隨後他被清政府封為平西王，陳圓圓也跟著他去了雲南。那麽，之後的陳圓圓經曆了哪些事情？她的結局如何呢？
史學界流傳的一種說法是，陳圓圓年老色衰，好色的吳三桂對她心生厭倦，轉而疼愛“四麵觀音”“八麵觀音”（吳三桂寵妾的綽號）。看破紅塵的陳圓圓立意吃齋念佛，不與他人爭寵。雖然她還住在吳三桂的寢宮，但獨處一室，常年吃素，與外事隔絕，與“出家”無本質區別。
還有一種說法，當清兵攻破昆明城時，吳三桂之孫吳世璠服毒自殺，而吳世璠的妻子與陳圓圓均自縊而亡，或陳圓圓絕食而死。清代文人孫旭在《平吳錄》中記載：“（吳三桂叛亂失敗時）桂妻張氏前死，陳沅（圓）及偽後郭氏俱自縊。一雲陳沅不食而死。”《平滇始末》也說：“陳娘娘、印太太及偽皇後俱自縊。”又有人說，陳圓圓在吳三桂兵敗後，沒有自殺或者絕食而亡，而是在昆明歸化寺出家做尼姑，法名“寂靜”。
直到1983年，貴州岑鞏縣的考古工作者提出“陳圓圓魂歸岑鞏”的說法，據稱，在岑鞏縣水尾鎮馬家寨獅子山上有一個土堆，便是陳圓圓的墓。墓碑上刻有“故先妣吳門聶氏之墓位席，孝男：吳啟華；媳：塗氏；孝孫男：仕龍、仕傑；孫媳：楊氏；曾孫：大經、大純……皇清雍正六年歲次戊申仲冬月吉日立。”原來，馬家寨的人全部姓吳，是吳三桂的後代。當年，吳三桂兵敗，其愛將馬寶將陳圓圓與吳三桂的兒子吳啟華偷偷送至思州（今岑鞏）。後來，吳啟華為紀念馬寶的救命之恩，也為躲避清朝政府的追殺，就改姓馬，其居住的寨子就叫馬家寨。陳圓圓死後，家人不敢明目張膽地寫著她的名字，便采用暗語。“先妣”指已經去世的母親；“吳門”即指代吳家，也表明這裏所藏之人是蘇州人，古時候蘇州亦稱吳門；“聶”可看作“雙耳”，陳圓圓本名姓邢，後跟養母姓陳，邢和陳都帶有“耳”字旁，且“雙”字含有美好、團圓之意，因此“聶”暗指陳圓圓；“位席”有正妃之意，表示其地位崇高。於是墓碑上“故先妣吳門聶氏之墓位席”可以理解成“母親蘇州人氏陳圓圓王妃之墓”。但後來有人根據史書記載，“馬寶在楚雄繼續對抗，最後兵敗被俘，被押送省城，終被淩遲致死”，認為馬寶沒有去過思州。