明孝宗遲至六歲才得和他的父親明憲宗相見，他的廟號被稱為“孝”，說來都與成化間最得寵的萬貴妃有關。原來萬貴妃在她所生的皇長子夭折後，因為自己不能再生，性情變得極為乖戾，她生怕別的妃嬪會生下皇子，把她極為得寵的地位給壓下去，便施用兩種方法予以防止：一是竭盡己力，死死纏住明憲宗，讓他很少有去臨幸別的妃嬪的機會；二是別的妃嬪如被臨幸，她要多方偵查，看是否懷上了孕，如果被幸過的妃嬪竟懷上了身孕，她更要多方設法予以鉤治，甚至加以殺害。但這是很難完全有效的，雖然她防得嚴，後來有個賢妃柏氏，不但懷上了孕，而且躲開了她的防治，竟給明憲宗生下了皇次子朱祐極。這個皇次子，比萬貴妃夭去的那個皇長子，實在健康得多，活潑精壯，毫不像個難養的孩子。明憲宗很歡喜他的這個皇次子，因而在成化七年（1471），便把這個皇次子立為皇太子，以見皇儲已有所在。但出人意料的是，皇太子被立未久，他和他的母親柏妃，突然先後緊接著，一齊都死了。他們突然相繼而死，很使人震驚，有些人還疑心這是萬貴妃暗害了他們。但議論雖多，證據卻無，誰也無法確指。明孝宗朱祐樘出生的時間較皇次子略後，是在成化六年的七月間，他之得以漏網，能全活下來，雖說有不少的原因，但是先就有了個皇次子，引開了萬貴妃的注意力，後來又有皇次子被立為皇太子，以及他們母子突然相繼而亡，這些事一件緊接著一件地，鬧得宮裏很亂，也給明孝宗造成了掩護。明孝宗的生母姓紀，原本是廣西地方蠻土官的一個女兒。成化初年，明軍征討廣西瑤、僮等族時，她被俘獲，並送入掖庭。紀氏為人機敏，又粗通文墨，在宮中很能適應。她被派在宮中，管理內藏事務，也就是在宮中儲藏各種雜物的地方幹活兒。一天，明憲宗在她幹活兒的地方碰上了她，見她應對明敏，人又極嫻雅秀麗，不覺動了情思，遂和她有了男女之事，並且使她懷上了孕。萬貴妃得悉此事後，心裏很氣，立刻派遣她的宮女去把紀氏抓來，要加以懲辦。不知為何，她派出帶人的宮女沒有向她實言，卻說紀氏並非有孕，實是害了怕人的痞病，得趕開才好。這些謊話救了紀氏母子的命，這個有孕的宮女，被趕到宮中極冷僻之處的安樂堂去居住了。明孝宗便是在安樂堂裏生下來的。明孝宗出生後，消息又傳到了萬貴妃那裏，萬貴妃命在那裏守門的門監張敏，立刻把那個出生的孩子給扔掉。但是張敏並沒有照辦，而是幫著紀氏把孩子給藏起來了。安樂堂和廢後吳氏的住處相距不遠，吳氏得知這些事後，極為關心，不斷加以照應，幫著紀氏把她的孩子藏好，而且經常親自提抱撫育，讓他在暗地裏平安生長。明孝宗就這樣像個“黑人”一樣，在暗裏藏著，哪裏也不敢去。他活到了五六歲，竟連胎發都沒敢讓人剪過。